Die Wissenschaft der Genetik, die einzelne Gene an sich untersucht und wie sie den Körper beeinflussen, definiert Syntenie als ein Ereignis, bei dem sich zwei oder mehr Gene auf demselben Chromosom befinden, das von verschiedenen Arten geteilt wird. Die Wissenschaft der Genomik, die alle Gene und ihre Wechselbeziehungen zueinander in einen Kontext einbezieht, spezifiziert das Konzept weiter als die gemeinsamen Gene mit einer bestimmten Ordnung. Wenn beispielsweise Spezies A die Gene 1, 2, 3, 4 und 5 hat, während Spezies B die Gene 1, 2, 5, 3 und 4 hat, werden beide Spezies als „syntenische Gene“ bezeichnet, da die Gene 1 und 2 sind in der gleichen Reihenfolge angeordnet. Der Kernpunkt des Syntenie-Konzepts ist die Entdeckung der genetischen Geschichte und der Verwandtschaft von Arten untereinander.
Die Etymologie des Wortes „synteny“ lässt sich von zwei griechischen Wörtern ableiten: „syn“ bedeutet „zusammen mit“ und „tainia“ bedeutet „Band“. Wenn sie kombiniert werden, werden die Wörter als „am selben Band“ übersetzt. Eine der ersten Studien zur Gensyntenie war die Beobachtung von Bakterien mit mehreren Chromosomen, wie den Stämmen „Rhodobacter sphaeroides“ und „Burkholderia cepacia“, bei denen einige der Chromosomen die gleichen Gene enthielten. Die Studien zu syntenischen Genen wurden erweitert, als im Jahr 2000 die Genomsequenz der Fruchtfliegenart „Drosophila melanogaster“ vollständig entschlüsselt wurde vergleichende Analysen der Genome der Fliegen.
Viele Wissenschaftler weisen auf die Evolutionstheorie als Ursache der Syntenie hin. Die Prämisse ist, dass das Genom einer bestimmten Art am Anfang auf eine bestimmte Weise angeordnet ist, aber wenn nachfolgende Generationen und verschiedene Arten über Tausende oder Millionen von Jahren produziert werden, gerät die Genomsequenz etwas durcheinander. Diese kleinen Divergenzen treten sehr langsam auf, mit einem Abstand von etwa 200,000 Jahren zwischen jedem Auftreten
Für Evolutionstheoretiker könnte Syntenie eine Implikation einer einzigen und gemeinsamen Abstammung sein, da viele Tiere einen großen Prozentsatz ähnlicher syntenischer Sequenzen teilen. Tatsächlich haben mehrere Studien gezeigt, dass etwa 90% der Genome von Mensch und Maus ähnlich angeordnet sind. Andere Wissenschaftler sagen jedoch, dass Syntenie nicht unbedingt ein Beweis für die Evolutionstheorie und eine einzige Abstammung ist, sondern lediglich veranschaulicht, dass Arten anstelle von Evolution Prozesse der Anpassung durchlaufen. Das Konzept zeigt auch, dass alle Lebewesen, einschließlich der Flora, mit einem „intelligenten Design“ aus ähnlichen Materialien, die unterschiedlich zusammengesetzt sind, geschaffen werden.