Das menschliche Gehirn besteht aus vier Hauptregionen: dem Hirnstamm, dem Kleinhirn, dem Zwischenhirn und dem Großhirn. Das Zwischenhirn befindet sich in der Nähe des Zentrums des Gehirns und besteht aus dem Hypothalamus, dem Thalamus und dem Epithalamus. Von den drei Abschnitten, aus denen das Zwischenhirn besteht, befindet sich der Epithalamus dorsal oder am weitesten hinten. Funktionell ist der Epithalamus für die Verbindung des Lymphsystems mit dem Rest des Gehirns sowie für die Regulierung der von der Zirbeldrüse ausgeschütteten Hormone verantwortlich.
In der Seitenansicht des menschlichen Gehirns befindet sich der Epithalamus knapp über der Medulla oblongata und der Hypophyse. Dem Weg des Rückenmarks in den Schädel folgend, geht das Rückenmark über die Medulla oblongata in das Gehirn über und endet im unteren Bereich des Mittelhirns. Knapp darüber und einige Zentimeter weiter vorne ruht die Hypophyse auf einer horizontalen Achse mit den Augen und Ohren. Sowohl über die Medulla oblongata als auch über die Hypophyse erstreckt sich der Epithalamus und seine zugehörigen Komponenten.
Strukturen innerhalb des Epithalamus umfassen die Habenula, die Stria medularis und die Zirbeldrüse oder Zirbeldrüse. Die Forscher verstehen nicht alle Funktionen der verschiedenen Strukturen innerhalb des Epithalamus, obwohl einige Funktionen offensichtlich sind. Forscher wissen beispielsweise, dass die Zirbeldrüse, die sich hinter dem Epithalamus befindet, für die Regulierung des zirkadianen Rhythmus verantwortlich ist. Melatonin, das für die Schläfrigkeit verantwortliche Hormon, wird sowohl bei Menschen als auch bei Säugetieren von der Zirbeldrüse ausgeschüttet, um normale Schlafzyklen zu induzieren.
Die Zirbeldrüse, auch als „Drittes Auge“ bekannt, nimmt auch an anderen Körperfunktionen teil. Nicht größer als ein einzelnes Reiskorn, hemmt die Melatoninproduktion der winzigen Zirbeldrüse auch die sexuelle Entwicklung bei Mensch und Tier bis ins Jugendalter. Auch Emotionen und bestimmte motorische Bahnen werden beeinflusst, da Melatonin und Serotonin sehr ähnlich sind.
Neben der Zirbeldrüse befindet sich die Habenula, auch Habenularkerne genannt. Wissenschaftler glauben, dass die Habenula an der Regulierung der Nährstoff- und Wasseraufnahme des Körpers beteiligt ist. Darüber hinaus zeigt die Forschung, dass die Habenula afferente oder sensorische Inputfasern enthält, die die Stria medularis mit anderen Teilen des Gehirns verbinden, die an der Serotonin-, Dopamin- und Noradrenalinfreisetzung beteiligt sind.
Nach hinten zu den habenularen Kernen projiziert ist die Stria medularis des Thalamus. Über die Stria medularis ist wenig bekannt, abgesehen davon, dass es sich um ein Bündel efferenter oder sensorischer Nervenfasern handelt, die so strukturiert sind, dass sie einen Kamm zwischen dem Thalamus und dem Epithalamus bilden. Einige Anatomiedatenbanken führen die Stria medularis als Teil des Thalamus auf, während andere sie als Teil des Epithalamus auflisten.