Das Anpreisen von Ethanol durch viele Regierungen, insbesondere die Vereinigten Staaten, hat zu vielen Kontroversen geführt. In den Vereinigten Staaten, wo Steuergelder in Milliardenhöhe für Ethanolsubventionen ausgegeben werden, ist die Kontroverse besonders heftig geworden, und dafür gibt es eine Reihe von Gründen. Viele laufen auf einen grundlegenden Streit darüber hinaus, ob Ethanol, insbesondere Maisethanol, wirklich so wundersam ist, wie die Leute behaupten, es sei.
Einige Ökonomen argumentieren, dass die Menschen für ein Produkt mit inhärenten Werten bezahlen, was Subventionen unnötig macht. Die Subventionierung der Ethanolproduktion kostet den Steuerzahler Geld, wenn auch indirekt, und hält die Preise künstlich niedrig, anstatt sie nach dem Marktwert festlegen zu lassen. Ökonomen, die eine allgemeinere Förderung nachhaltiger Energie anstreben, argumentieren auch, dass Ethanolsubventionen anderen Quellen nachhaltiger Energie die Finanzierung entziehen, einschließlich Quellen, die sauberer, effizienter und leichter zu beschaffen sind als Ethanol.
Ethanolsubventionen können auch eine Rolle bei der Eskalation der Lebensmittelpreise und in der anhaltenden Debatte zwischen Lebensmitteln und Kraftstoffen spielen. Das Argument ist, dass der Anbau von Nahrungsmitteln für die Landwirte mehr kostet, da diese weniger stark subventioniert werden und die Preise an die Verbraucher weitergegeben werden. Auch das Nahrungsangebot wird durch die Ethanolsubventionen reduziert, da die Landwirte einen Anreiz haben, Getreide für Ethanol anzubauen, also Felder, die einst für Nahrungspflanzen genutzt wurden, um Mais anbauen. Die Angebotsverknappung kann zu Preiserhöhungen und in manchen Fällen sogar zu Engpässen führen.
Ethanol selbst ist ein Kraftstoff mit fragwürdigen Vorzügen. Es erfordert eine besondere Handhabung, einschließlich speziell formuliertem Benzin für Kraftstoffmischungen, und spezielle Versandverfahren, die es teuer machen können. Es verbrennt auch nicht besonders sauber und ist weniger energieeffizient als Benzin, was bedeutet, dass ein Auto, das mit Ethanol oder einer Ethanol-Benzin-Mischung betrieben wird, eine geringere Kilometerleistung hat. Darüber hinaus ist die Ethanolerzeugung selbst nicht sehr energieeffizient, und in einigen Fällen kann der Kraftstoff in der Herstellung und im Transport mehr Energie kosten, als er produziert.
Kritiker von Ethanolsubventionen argumentieren, dass staatliche Mittel auf die Förderung wirklich erneuerbarer, innovativer Energiequellen konzentriert werden sollten, anstatt für einen Brennstoff von fragwürdigem Wert ausgegeben zu werden. Die Beibehaltung der Ethanolsubventionen wird unter diesem Argument als verschwenderisch angesehen. Langfristig scheint es sinnvoller zu sein, den Zielort der Mittel zu wählen, auch wenn neuere Technologien nicht sofort erfolgreich sind.