Eine der heimtückischsten Taktiken, die einer Terrororganisation zur Verfügung steht, ist die Einrichtung einer Schläferzelle. Diese besteht aus Geheimagenten, die in ihren Heimatländern eine spezielle Ausbildung erhalten und dann beauftragt werden, sich in die Kultur und Gesellschaft eines anderen Landes einzugliedern. Diese Agenten können Jahre damit verbringen, ihre regulären Pflichten zu erfüllen, während sie tief verdeckt leben, und dann plötzlich von ihren ausländischen Handlangern den Befehl erhalten, entweder einen Terrorakt zu begehen oder denen zu helfen, die es wollen.
Einzelne Mitglieder einer Schläferzelle sind sich möglicherweise nicht einmal bewusst, da eine plausible Leugnung bei polizeilichen Vernehmungen von entscheidender Bedeutung sein kann. Ein Schlafagent kann zum Beispiel für ein Flugticketbüro arbeiten, während ein anderer bei einer Autovermietung oder einem Chemiewerk arbeitet. Wenn die Kommandeure der Terrororganisation eine Zelle aktivieren wollen, darf jeder Agent nur den Namen einer Kontaktperson oder nur seine spezifischen Befehle erhalten. Der Flugscheinvermittler darf beispielsweise nur angewiesen werden, Tickets für vier Männer bereitzustellen, die von Deutschland nach New York reisen. Die Autovermietung darf nur angewiesen werden, diese Männer vom Flughafen abzuholen und zum Chemiewerk zu bringen. Dieser Prozess stellt sicher, dass keine Person den gesamten Plan kennt.
Aufgrund ihrer nebulösen Konstruktion kann es für Regierungsbehörden äußerst schwierig sein, Schläferzellen zu verfolgen und zu demontieren. Wenn die einzelnen Mitglieder gut ausgebildet und engagiert sind, können sie sich leicht in die Gesellschaft einfügen, ohne Verdacht zu erregen. Eine Zelle muss nicht unbedingt regelmäßige Treffen abhalten oder zusätzliche Schulungen absolvieren, um ihre Aufgaben zu erfüllen. Die Mitglieder gehen einfach ihren täglichen Routinen nach, bis ein Handler sie wegen einer Aufgabe kontaktiert. Einige Agenten sind sich ihrer Verpflichtungen möglicherweise nicht einmal vollständig bewusst, da sie glauben, dass eine wohlwollende Regierungsbehörde einfach ihre Bildungs- und Einwanderungskosten bezahlt hat.
Die Ereignisse um den 11. September machten die Gefahren solcher Zellen deutlich, da eine Reihe von US-Bürgern den eigentlichen Terroristen materielle Hilfe leistete. Während einige einfach nur ihre regulären Aufgaben erfüllt haben, waren andere höchstwahrscheinlich Mitglieder von Schläferzellen, die aktiviert wurden, um wichtige Unterstützungsoperationen durchzuführen. Ein Flugschüler, der beispielsweise nur Startverfahren studiert hat, wäre ein ideales Mitglied. Hilfreich wäre auch ein Gepäckabfertiger einer Fluggesellschaft, der ohne Vorankündigung Waffen in ein Flugzeug schmuggeln könnte.
Einige Agenten sind sich ihrer Rolle in einer Operation möglicherweise vollständig bewusst, während andere absichtlich im Dunkeln bleiben, bis sie zum Handeln aufgefordert werden. Aus diesem Grund kann ein Angriff so notorisch schwer zu vereiteln sein. Eine Zelle wird oft durch verdeckte Überwachung und Infiltration durch einen Doppelagenten entdeckt.