Die Süßwasserökologie ist eine spezialisierte Unterkategorie der Gesamtuntersuchung von Organismen und der Umwelt. Im Gegensatz zur Biologie bezieht sich die Ökologie nicht nur auf die Untersuchung von Organismen, sondern auch darauf, wie sie reagieren und von der natürlichen Umgebung oder dem Ökosystem beeinflusst werden. Durch die Untersuchung der Pflanzen und Tiere in einem Gewässer sowie der Bestandteile des Wassers selbst kann ein Wissenschaftler mit dem Schwerpunkt Süßwasserökologie wichtige Informationen über die Gesundheit und die Bedürfnisse eines Süßwassersystems gewinnen.
Anstatt wie Meeresökologen die weite Welt des Salzwassers zu untersuchen, konzentrieren sich Wissenschaftler, die in der Süßwasserökologie arbeiten, auf die Ökosysteme von Nicht-Brackwasserkörpern wie Seen, Teichen und Bächen. Einige können auch in Feuchtgebieten funktionieren, in denen das Wasser hauptsächlich frisch ist. Die Informationen, die Süßwasserökologen sammeln, können für den Schutz von Pflanzen und Tieren hilfreich sein, liefern aber auch Daten, die sich auch auf den Menschen auswirken können.
Bei der Untersuchung der Süßwasserökologie versuchen Wissenschaftler, genaue Vorstellungen davon zu bekommen, wie ein Süßwasserkörper sein tägliches Leben führt. Jedes Detail, von den mikrobischen Kreaturen, die eifrig Algen erzeugen, bis hin zu den großen Reptilien- oder Vogelraubtieren, beeinflusst das Leben des Ökosystems. Neue Faktoren können das Ökosystem dramatisch stören und umorganisieren und können von einer eingeführten exotischen Art, chemischem Abfluss aus einer neuen Industrieanlage oder sogar einer erhöhten Nutzung reichen, wenn der See zu einem Touristenort wird. Durch das Verständnis des Verhaltens dieses Gewässers unter normalen Umständen können Süßwasserökologen eine fundierte Vermutung darüber anstellen, wie sich neue Faktoren auf die lokale Umwelt auswirken werden.
Für Naturschutzbemühungen kann die Süßwasserökologie grob genaue Vorstellungen davon geben, wie Populationen von Pflanzen oder Tieren in ihrer Umgebung überleben. Dies kann dazu beitragen, festzustellen, ob einer aussterbenden Art von Leitungsgremien ein Schutzstatus zuerkannt wird oder ob sich eine bereits gefährdete Art aufgrund von Erhaltungsbemühungen erholt. Obwohl die meisten Arbeiten auf Wahrscheinlichkeiten und Populationsdiagrammen basieren und nicht auf wörtlichen Volkszählungen, können Süßwasserökologen ein ziemlich klares Bild davon geben, in welche Richtung sich eine Art entwickelt, und Schlüsselfaktoren identifizieren, die ihre Situation bestimmen.
Auch der Mensch profitiert von den Studien zur Süßwasserökologie. Als größter Bestandteil des Ökosystems wird das Wasser ständig auf wichtige Daten wie die chemische Zusammensetzung und mögliche Gefahren untersucht und analysiert. Die Arbeit von Süßwasserökologen kann verwendet werden, um die Lebensfähigkeit einer neuen Trinkwasserquelle zu bestimmen oder eine aktuelle Wasserquelle auf mögliche Kontaminationen zu testen. Durch den Schutz von Trinkwasserquellen tragen Süßwasserökologen nicht nur zum Wohl der Umwelt, sondern auch zum Wohle ihrer eigenen Art bei.