Der Begriff „basale Metazoen“ bezieht sich auf Tiere an der Basis des Evolutionsbaums der Metazoen (mehrzelliges Tier). Der Begriff ist nicht sehr genau definiert und kann sich auf Nesseltiere (Quallen und Verwandte), Porifera (Schwämme), Ctenophoren (Kammgelees), Placozoen (der einzige Tierstamm mit einer einzigen Art, Trichoplax adhaerens) und ausgestorbene Arten beziehen die primitiver sein kann als der gemeinsame Vorfahre aller lebenden Metzoen (auch Stammmetzoa genannt, meist ediacarische Fauna).
Die basalste aller lebenden Metazoen kann Trichoplax adhaerens sein, ein einfaches, sehr kleines (0.5 mm) ballonartiges Tier, das nach seiner Neigung benannt wurde, an den Seiten eines Glasaquariums zu kleben. Trichoplax hat das kleinste Genom aller bekannten Tiere mit nur 50 Megabasen DNA und 6 Chromosomen. Die Sequenzierung des Trichoplax-Genoms ist derzeit im Gange. Es wird vermutet, dass es mit Nesseltieren und Ctenophoren verwandt sein könnte. Einige neuere molekulare Studien deuteten jedoch darauf hin, dass sich Trichoplax nach Schwämmen und Nesseltieren vom Rest der Tiere abgespalten haben könnte.
Obwohl lange vermutet wurde, dass Schwämme die basalste aller großen Gruppen von Metazoen sind, hat eine genetische Studie aus dem Jahr 2007 festgestellt, dass sich Nesseltiere tatsächlich früher als die Schwämme von anderen Metazoen abgespalten haben. Dies ist eine ziemliche Überraschung, da Nesseltiere deutlich komplexer sind als Schwämme. Der Befund zeigt, dass die Morphologie (Aussehen) kein Maßstab dafür ist, wie früh sich ein Organismus von den anderen abspaltet, da manche Tiere mit der Zeit weniger komplex werden, nicht mehr. Dies widerspricht vielen gängigen Annahmen über die Evolution.
Eine weitere interessante Gruppe von basalen Metazoen sind die Mesozoen, die einst als Vermittler zwischen Protozoen (einzelligen Organismen) und Mesozoen (mehrzelligen Organismen) galten, die heute entweder als vereinfachte Form von Metazoen oder als echte basale Metazoen angesehen werden. Die beiden wichtigsten mesozoischen Gruppen sind die Rhombozoa und die Orthonectida, einfache Organismen, über die wenig bekannt ist. Sie sind winzige Parasiten von wirbellosen Meerestieren, und einige haben nur ein paar Dutzend Zellen. Um mehr über diese Tiere zu erfahren, müssen ihre Genome sequenziert werden.
Eine Gruppe ausgestorbener Metazoen, möglicherweise die basalsten aller Metazoen, möglicherweise nicht, sind die Ediacara-Fauna, eine Gruppe von gesteppten Matratzen- und sackartigen Organismen, die in der Vergangenheit, während der Ediacara-Periode, zwischen etwa 600 und vor 542 Millionen Jahren. Diese Tiere wurden von einigen Arbeitern in ihrer eigenen Gruppe, Vendobiota, aufgrund ihres ähnlichen „gesteppten“ Aussehens klassifiziert, obwohl dies sehr umstritten ist. Die Fauna von Ediacara wurde als „früh gescheiterter Tierversuch“ beschrieben. Da diese Gruppe seit langem ausgestorben ist, werden wir ihr genetisches Material nie in die Hände bekommen und sind darauf beschränkt, Vermutungen anzustellen, die ausschließlich auf grober Morphologie basieren.