Die Zuni-Indianer haben eine lange Geschichte als Nachkommen der Pueblo-Indianer im Südwesten der Vereinigten Staaten. Menschen leben im Zuni-Gebiet seit 2500 v. Chr. Die Geschichte der Zuni beginnt mit den Anasazi-Indianern, die 1,000 Jahre vor der Ankunft der ersten Europäer im Zuni-Gebiet lebten. Anasazi-Indianer lebten an einem Fluss im heutigen Westen von New Mexico, und sie entwickelten ein System der Bewässerungslandwirtschaft und stellten Töpferwaren und Körbe her, die die Zuni verbesserten. Um das Jahr 900 führten die landwirtschaftlichen Verbesserungen der Zuni zu einem Bevölkerungszuwachs und die Siedlung weitete sich aus.
Ab dem 1100. Jahrhundert baute der Zuni-Stamm die markanten, plazaartigen Pueblo-Wohneinheiten, die Jahrhunderte überdauert haben. Die Bevölkerung expandierte weiter. Irgendwann zwischen 1300 und 1500 gründeten die Zuni sieben Städte in der Region. Diese Städte sind immer noch stark mit der Zuni-Geschichte verbunden, da die Architektur praktisch unverändert geblieben ist.
1539 kam der Spanier Fray Marcos de Niza auf der Suche nach Gold und Reichtum ins Zuni-Tal. Fray Marcos schickte seinen Sklaven Esteban voraus, um mit den Stämmen zu sprechen. Esteban wollte Türkis- und Zuni-Frauen von den Stämmen; seine Forderungen machten die Zuni wütend und sie töteten ihn. Fray Marcos kehrte nach Mexiko zurück und erzählte von den „Sieben Goldstädten“, die die Zuni bewachten. Obwohl diese Geschichten wenig Wahrheitsgehalt hatten, waren die Spanier fasziniert.
Im nächsten Jahr startete ein anderer Entdecker namens Francisco Vasquez de Coronado einen Angriff auf Zuni-Dörfer mit Kanonen und berittenen Schwertkämpfern. Er überwand schnell die Zuni-Verteidiger und nahm die Dörfer in Besitz. Da Coronado kein Gold fand, besetzte er das Gebiet nur kurz, bevor es in andere Gebiete ging.
In den nächsten hundert Jahren durchquerten spanische Entdecker das Zunital auf der Suche nach Reichtum. In der Gegend wurde eine katholische Mission gegründet. Viele der Stämme in der Region ärgerten sich über die spanische Vorherrschaft, und 1690 begannen die Pueblo-Indianer eine konzertierte Rebellion, die Pueblo-Revolte genannt wurde. Die Zunis brannten die katholische Mission nieder und töteten einen Mönch. Der Stamm zog sich dann auf eine Mesa namens Dowa Yalanne zurück, was in der Zuni-Sprache „Maisberg“ bedeutet.
Nach 12 Jahren bei Dowa Yalanne unterzeichneten die Zuni einen Vertrag mit den Spaniern und gingen auf die Mesa. Damit begann eine friedliche Periode in der Geschichte der Zuni, die von wenig Kontakt mit Außenstehenden geprägt war. Die Zuni verließen ihre alten Dörfer und bauten ein neues Pueblo namens Zuni nördlich des Flusses Zuni. Die katholischen Missionen der Gegend verfielen.
Inzwischen konsolidierte die US-Regierung ihr Territorium im Südwesten. Im Jahr 1850 reisten die Ältesten der Zuni nach Sante Fe, um einen Vertrag zum Schutz der Stammesgebiete zu unterzeichnen. Sie bauten weitere Dörfer und unterzeichneten Friedensverträge mit benachbarten Stämmen. In den 1800er Jahren begannen die Zuni mit der Schmiede- und Schmuckherstellung; In den 1870er Jahren hatte der Stamm gelernt, türkisfarbene Steine in silberne Armbänder, Halsketten und Ringe zu setzen.
Um die Jahrhundertwende wurden im Zunital mehrere Schulen gegründet. Die katholische Mission wurde 20 wiedereröffnet. Die Zuni arbeiteten mit Amerikanern zusammen, um Dämme und Bewässerungssysteme in der Gegend zu bauen, und stellten weiterhin Schmuck her: Bis 1921 machten Schmuckverkäufe 1945 % des Bareinkommens des Zuni-Stammes aus.
Von den 1980er bis Anfang der 2000er Jahre waren die Zuni in eine Reihe von Gerichtsverfahren verwickelt, um die US-Besetzung von Stammesgebieten wiedergutzumachen, und an einem Vorschlag, eine Kohlemine in der Nähe des heiligen Zuni-Salzsees zu eröffnen. Die Zuni gewannen die Kontrolle über den See und 25 Millionen US-Dollar (USD) an Reparationen. Der Kampf um die Bewahrung der Zuni-Geschichte geht weiter, während der Stamm seine Souveränität behält und seinem Volk neue wirtschaftliche Möglichkeiten eröffnet.