1987 wurde eine Kommission einberufen, die von einem ehemaligen texanischen Senator namens John Tower geleitet wurde, um Vorwürfe eines illegalen „Waffen für Geiseln“-Plans zu untersuchen, der von Mitgliedern der Regierung des damaligen Präsidenten Ronald Reagan durchgeführt wurde. Der Skandal wurde als Iran-Contra-Affäre bekannt, weil er sowohl mit der iranischen Regierung als auch mit einer Gruppe rechtsextremer Aufständischer in Nicaragua, den sogenannten Contras, verhandelt wurde. Tatsächlich verband die Iran-Contra-Affäre zwei getrennte politische Skandale unter einem streng geheimen Dach.
1983 nahm die im Libanon ansässige Terrorgruppe Hisbollah 30 Westler als Geiseln, darunter ein halbes Dutzend Amerikaner. Als die direkten Verhandlungen über ihre Freilassung scheiterten, suchte die Reagan-Administration nach einer Lösung außerhalb der üblichen diplomatischen oder militärischen Kanäle. Eine solche Lösung bestand darin, dringend benötigte militärische Ausrüstung an den Iran zu verkaufen, einen engen Verbündeten der Hisbollah, der in einen blutigen Krieg mit dem Irak verwickelt ist. Im Gegenzug für die Waffen würde der Iran zustimmen, Druck auf die Hisbollah auszuüben, um die Geiseln unverletzt freizulassen.
Dieser ursprüngliche Plan funktionierte nicht wie geplant, da die Hisbollah weiterhin die Mehrheit der Geiseln festhielt. Da es den Vereinigten Staaten gesetzlich verboten war, Waffen an den Iran zu verkaufen, nutzte ein anderer Plan Israel als Vermittler. Auch dieser Plan ist gescheitert. Verzweifelt nach einer praktikablen Lösung wandte sich die Reagan-Administration an die National Security Agency (NSA) um Hilfe. Die NSA formulierte eine neue Strategie für die Waffenlieferungen an den Iran und beauftragte Oberstleutnant Oliver North mit der Koordinierung der Umsetzung dieses verdeckten Plans. Damit war die Saat für die Iran-Contra-Affäre gelegt.
Der Plan der NSA beinhaltete eine kühne und rechtlich fragwürdige Entscheidung, den Preis für alle Waffen, die an den Iran verkauft werden, im Austausch für die Freilassung der Geiseln zu erhöhen. Der Iran weigerte sich zunächst, den erheblichen Aufschlag für die Waffen zu zahlen, stimmte aber später zu, nachdem er erkannt hatte, dass andere Verkäufer nicht bereit waren. Das zusätzliche Geld, das durch den Verkauf von Waffen an den Iran gesammelt wurde, sollte später verwendet werden, um ein weiteres bereits in Betrieb befindliches Projekt in Nicaragua zu finanzieren.
Das linke Regime von Daniel Ortega regierte Nicaragua mit eiserner Faust, und die Reagan-Administration unterstützte die rechten Contra-Kämpfer, die es stürzen wollten. Eine direkte Finanzierung der Contras würde das Völkerrecht verletzen, aber die Contra-Kämpfer könnten ihre Angriffe ohne finanzielle Unterstützung nicht aufrechterhalten. Während dieser kritischen Phase der Iran-Contra-Affäre beschloss Oliver North mit stillschweigender Zustimmung seiner Vorgesetzten im Weißen Haus und der NSA, das überschüssige Geld aus den iranischen Waffenverkäufen an die Contra-Rebellen in Nicaragua umzuleiten.
Die genauen Details darüber, wie sich diese illegalen „Waffen für Geiseln“ und die Finanzierung der Contra-Rebellen abgespielt haben, werden möglicherweise nie bekannt, da viele der Dokumente zur Iran-Contra-Affäre anschließend von North, seinem Sekretär Fawn Hall und anderen Mitgliedern vernichtet wurden der Reagan-Administration. Viele dieser Beamten, die direkt an der Iran-Contra-Affäre beteiligt waren, traten in Ungnade zurück oder wurden fristlos entlassen.
Während der eigentlichen Untersuchung der Tower Commission in der Iran-Contra-Affäre wurde Präsident Reagan zu seinem persönlichen Wissen über die Pläne der NSA befragt. Reagan bestritt kategorisch jede Beteiligung an der Planung oder Genehmigung der verdeckten Waffenverkäufe. Sein fehlerhaftes Gedächtnis sorgte jedoch für einige öffentliche Kontroversen. Reagan deutete an, dass sein Vizepräsident George HW Bush bei bestimmten Treffen anwesend gewesen sein könnte, bei denen die Details der Iran-Contra-Affäre erörtert wurden. Die Aussage von Oliver North selbst wurde zu einem fesselnden Fernsehereignis, obwohl er behauptete, sich nicht an zahlreiche Einzelheiten seiner verdeckten Operation zu erinnern.