Hay tres diferencias principales entre los campos de la medicina convencional y alternativa. La medicina convencional se basa principalmente en estudios de eficacia en los que basar los tratamientos, en comparación con los tratamientos alternativos que tienden a no requerir un alto nivel de prueba científica. Los médicos alternativos suelen considerar la salud de un paciente como un todo como base para los tratamientos, mientras que los profesionales médicos convencionales a menudo miran solo el área problemática del cuerpo. Las calificaciones educativas y los estándares de licencia también pueden ser de mayor rigor para los médicos convencionales en comparación con los médicos alternativos.
La medicina convencional también se llama medicina científica, debido a las formas en que los médicos eligen los tratamientos adecuados para un paciente. Los estudios clínicos, que analizan a las personas con un determinado problema y cómo les beneficia un tratamiento en particular, son la base de la medicina convencional. Este método de comprobar si un tratamiento funciona, y qué tan bien funciona, permite a los médicos descartar los tratamientos que no son efectivos y poner en práctica tratamientos que sean más beneficiosos para el paciente. La medicina convencional y alternativa difieren en que, si bien los médicos alternativos pueden someter sus tratamientos a un proceso de estudio clínico, no es una parte esencial del proceso para elegir un tratamiento.
Los ejemplos de prácticas médicas convencionales incluyen quimioterapia, cirugías y vacunas. Los tratamientos alternativos incluyen acupuntura, homeopatía y herboristería. Las terapias alternativas son técnicamente aquellas a las que las personas eligen someterse en lugar de un tratamiento convencional, mientras que las terapias complementarias son aquellas por las que los pacientes optan además del tratamiento médico convencional.
Una de las razones por las que una persona puede considerar la medicina convencional y alternativa y elegir la última es que los médicos tienden a observar principalmente el sitio de un problema en el cuerpo y pueden descuidar el resto del cuerpo. Los médicos alternativos suelen tratar de tratar todo el cuerpo de manera integral. Esto puede encajar mejor en formas espirituales o filosóficas de ver la enfermedad y también puede dar al paciente una sensación de más control sobre su cuerpo en comparación con un enfoque potencialmente más autoritario de un profesional médico convencional. Los profesionales de la medicina convencional y alternativa también pueden estar muy en desacuerdo en cuanto a las causas de la enfermedad, y los profesionales convencionales se centran en la investigación científica, mientras que los médicos alternativos pueden trabajar en un concepto como campos de energía o estructuras esqueléticas desalineadas.
Generalmente, si una medicina alternativa funciona de manera eficiente y puede pasar con éxito por el proceso de estudio clínico, se convierte en parte de la medicina convencional. Un ejemplo es la marihuana medicinal, que aunque tiene un lugar en la medicina tradicional a base de hierbas, no fue un medicamento aprobado hasta que pasó los estudios clínicos y se hizo más aceptado en la medicina convencional. Como los profesionales médicos convencionales desconfían de los nuevos tratamientos, hasta que se demuestre que son seguros y efectivos, los médicos tienden a confiar en los medicamentos convencionales en lugar de en los tratamientos alternativos. Los peligros potenciales de los remedios alternativos incluyen envenenamiento o lesiones corporales, o si el tratamiento no funciona en absoluto, el paciente puede sufrir daños irreversibles que quizás podrían haberse evitado con un tratamiento convencional inmediato. Por lo general, los riesgos de las opciones convencionales son bien conocidos, al igual que los beneficios.
Dado que el campo de la medicina alternativa contiene tantas prácticas diferentes, que a menudo no se basan en tratamientos que superen los rigores de los estudios clínicos, la regulación del campo por parte de organismos gubernamentales puede ser de un nivel inferior al de los médicos convencionales. Por lo general, un médico o una enfermera en un sistema médico convencional tiene que completar un alto nivel de educación y obtener una licencia para practicar la medicina, mientras que un médico alternativo puede no tener que cumplir con los estándares gubernamentales en absoluto, sino adherirse a las pautas establecidas por un organismo de la industria.