La causa más común de flujo vaginal maloliente es la infección. Por ejemplo, ciertos tipos de enfermedades de transmisión sexual (ETS) pueden causar una secreción que huele mal, aunque algunas pueden no causar ningún síntoma. Curiosamente, sin embargo, una mujer puede tener una infección que no se transmite sexualmente pero que aún causa un olor desagradable. Esto puede ocurrir, por ejemplo, cuando las bacterias que normalmente están presentes en la vagina crecen demasiado y causan una infección. A veces, el olor desagradable incluso es causado por la presencia de un cuerpo extraño, como un tampón que se ha dejado en la vagina durante demasiado tiempo.
La mayoría de las mujeres tienen un ligero olor natural en el área vaginal que también puede extenderse hasta la secreción. En la mayoría de los casos, sin embargo, esta secreción no se considera maloliente; suele tener un olor bastante suave. Sin embargo, si una mujer tiene una secreción maloliente, podría ser un signo de algún tipo de infección. Algunas de las infecciones que pueden causar secreciones malolientes se transmiten sexualmente, pero muchas no.
Una de las causas más comunes de flujo vaginal maloliente es una infección llamada tricomoniasis. La tricomoniasis se transmite sexualmente y es causada por un parásito. La secreción que se desarrolla cuando una mujer está infectada suele ser de color grisáceo, amarillento o incluso verdoso, y por lo general tiene una consistencia acuosa. Una mujer también puede tener picazón en el área cuando tiene esta infección, así como dolor o sangrado durante o después de las relaciones sexuales. También puede producirse dolor al orinar e hinchazón del área vaginal.
La vaginosis bacteriana es otra infección que puede causar una secreción maloliente blanquecina o grisácea. Esta infección se desarrolla cuando las bacterias que normalmente están presentes en la vagina crecen en exceso. No siempre se transmite a través de la actividad sexual, ya que algunas personas que no son sexualmente activas la desarrollan. Además de la secreción molesta típica de esta infección, una mujer puede experimentar picazón, dolor o ardor vaginal al orinar o tener relaciones sexuales, y sangrado vaginal anormal cuando tiene esta infección.
También se puede desarrollar una secreción vaginal con mal olor debido a la presencia de un cuerpo extraño en la vagina. Por ejemplo, si una mujer olvida que está usando un tampón cuando termina su período, podría permanecer allí desapercibido durante un período de tiempo significativo. Eventualmente, puede causar una infección, con síntomas como flujo vaginal que huele mal y también es de color marrón o negro.