Hay 18 islas esparcidas por toda la Bahía de San Francisco, incluidas rocas deshabitadas, refugios de vida silvestre protegidos e islas desarrolladas con poblaciones considerables. Algunas de las islas de la Bahía de San Francisco son bastante famosas, como es el caso de Alcatraz. Muchos son accesibles solo en embarcaciones privadas, como veleros, y cada uno tiene características únicas que hacen que valga la pena visitarlo, si puede llegar.
Muchas de las islas están reservadas como parques y refugios. Angel Island es un parque estatal accesible en ferry desde varios lugares alrededor de la bahía, y Alcatraz es un parque nacional. Los visitantes de estas islas son bienvenidos durante todo el año, aunque el verano es la temporada alta para visitar. También hay varios refugios de vida silvestre, incluidas las islas East y West Marin, Brooks Island y Bair Island. Brooks Island es parte del Distrito de Parques Regionales de East Bay y alberga aves migratorias, humedales y senderos para caminar. Bair Island es un extenso refugio de vida silvestre en South Bay y es una parte importante de la ecología del Área de la Bahía.
También hay varias islas de la Bahía de San Francisco que son poco más que afloramientos rocosos glorificados. Estos incluyen Red Rock Island, en el lado occidental del Puente de Richmond, junto con East y West Sisters, Ballena Bay Island junto a Alameda y Pat Rock. Red Rock Island es también la única isla de propiedad privada en la Bahía de San Francisco, aunque el hecho de que técnicamente se encuentra en tres condados hace que el desarrollo potencial sea un desafío.
También hay islas habitadas en la bahía. Una, la isla de la Guardia Costera, está reservada solo para uso militar. Las otras islas habitadas están todas abiertas al público. La isla Yerba Buena se encuentra en medio del Puente de la Bahía de San Francisco y alberga una población civil junto con una pequeña estación de la Guardia Costera. Treasure Island, una isla artificial unida a Yerba Buena por una calzada, es una antigua base naval con viviendas civiles ubicadas en su extremo norte. Alameda, una isla directamente frente a la costa de Oakland, es accesible a través de una serie de calzadas y tiene una colección considerable de ejemplos de arquitectura victoriana y reina Ana.
Estas islas, como puede verse, son bastante variadas. Muchos residentes del área de la bahía solo son capaces de nombrar un puñado de las 18 islas, así que prepárese para impresionar a la gente con su conocimiento local. Las variadas residencias y reservas naturales en las islas de la bahía de San Francisco también proporcionan una interesante sección transversal de la vida del área de la bahía, tanto humana como animal.