La anatomía comparativa es el estudio de estructuras físicas dentro y entre especies, géneros y clasificaciones de vida de nivel superior. Los conceptos de estructuras homólogas, análogas y vestigiales son fundamentales y apuntalan el campo. Además de la zoología, tiene estrechos vínculos con la filogenia, que se ocupa de la evolución de las especies, así como de la biología evolutiva y la paleontología. También informa la cladística, la metodología predominante utilizada para identificar y clasificar las especies de organismos ancestrales y descendientes en grupos evolutivos.
El científico flamenco del siglo XVI Andreas Vesalius sentó las bases para el desarrollo de la anatomía comparada con la publicación en 1534 de De Humani Corporis Fabrica Libri Septem, es decir, Los siete libros sobre la estructura del cuerpo humano. La publicación de Fabrica, como se conoce por sus siglas, lanzó una nueva tradición de estudio empírico de la anatomía y el surgimiento de la anatomía comparativa moderna, cuya fundación se atribuye al científico y médico inglés del siglo XVII Edward Tyson.
Las diferencias y similitudes en la anatomía comparada, ahora aumentada con estudios de biología molecular, son la base para establecer relaciones evolutivas entre especies. El estudio de la anatomía comparada ha producido pruebas sólidas que respaldan la teoría de la evolución. Se cree que los organismos que tienen estructuras anatómicas similares, desde embriones hasta formas adultas, están estrechamente relacionados en términos evolutivos. También se presume que comparten un antepasado común.
Uno de los conceptos fundamentales de la anatomía comparada es el de las estructuras homólogas. Las estructuras anatómicas homólogas son aquellas que se encuentran en organismos que son muy similares en desarrollo embrionario y forma, pero diferentes en función. Se cree que la existencia de estructuras homólogas implica que los organismos están estrechamente relacionados evolutivamente y comparten un ancestro común. Las extremidades anteriores de los mamíferos, como las aletas dorsales de ballenas y delfines, las patas delanteras de gatos y perros, y los brazos y piernas de humanos y otros primates, son ejemplos de estructuras homólogas.
Las estructuras anatómicas encontradas en organismos que son diferentes en términos de desarrollo y morfología pero similares en función se conocen como estructuras análogas. Las diferencias en el desarrollo embrionario y la forma última implican que no existe una estrecha relación evolutiva entre los dos organismos y que no comparten un ancestro común. Un ejemplo de estructuras análogas son las alas de insectos y pájaros.
Otro concepto importante es el de las estructuras vestigiales. Las características anatómicas encontradas en un organismo que ya no cumplen ninguna función se denominan estructuras vestigiales. A menudo se reducen de tamaño, como el apéndice humano. La presencia de la característica en un organismo y un vestigio en otro implica que los dos comparten un ancestro evolutivo común y están estrechamente relacionados en un sentido evolutivo. Las ballenas, por ejemplo, tienen huesos vestigiales de patas traseras similares a los de los mamíferos terrestres.