Los factores que intervienen en la elección de una pareja suelen ser un misterio, incluso para quienes toman las decisiones. Muchos procesos subyacentes en el cerebro se combinan para crear una sensación de atracción. La mayoría de ellos están orientados a la producción de descendientes viables con las mejores posibilidades de supervivencia. Un factor importante en la supervivencia es un sistema inmunológico fuerte, que proviene de sistemas inmunológicos diferentes en los padres que se combinan para crear un sistema de defensa más completo. La histocompatibilidad es la medida de cuán similares son los genes que gobiernan el sistema inmunológico entre los individuos.
Los genes que son relevantes para la histocompatibilidad son los que reconocen agentes extraños que invaden el cuerpo y desencadenan una respuesta inmune para combatirlos. Estos genes forman un haplotipo, o un grupo de genes concentrados en un área de un cromosoma, llamado complejo principal de histocompatibilidad o MHC. A veces, los genes del MHC se recombinan, pero generalmente el haplotipo se transmite intacto de los padres a la descendencia. En los seres humanos, el MHC también se denomina antígenos leucocitarios humanos o HLA.
Los genes MHC son codominantes, por lo que la descendencia expresa todos los genes que heredan de ambos lados. Esto significa que si los padres tienen diferentes genes MHC, la descendencia podrá reconocer el conjunto de todos los materiales extraños que su madre y su padre podrían reconocer. Para asegurarse de que la descendencia tenga la mejor defensa posible contra la enfermedad, un padre potencial debe buscar una pareja con un MHC diferente.
La tarea de la selección de pareja basada en la composición genética del MHC recae en las hembras, que generalmente discriminan más en la selección de parejas. Usan su sentido del olfato para encontrar parejas que tengan diferentes MHC. Los estudios han encontrado que las mujeres encuentran más atractivo el olor de las camisetas de hombres con MHC diferentes a los suyos. Este método de selección es subconsciente; a veces, las mujeres no perciben un olor pero aún sienten atracción después de oler una camisa.
La tecnología médica a veces interfiere con estas percepciones. Por ejemplo, las mujeres que toman píldoras anticonceptivas cambian sus niveles hormonales. Sus cuerpos están embarazados con hormonas, y en este estado la necesidad de seleccionar parejas se reduce. El sentido del olfato que les ayudó a encontrar parejas genéticamente adecuadas ya no funciona.
En la selección de pareja, tener diferentes genes MHC pone a un contendiente en ventaja. Un alto grado de histocompatibilidad, o genes MHC similares, es vital en otras situaciones. Por ejemplo, una alta histocompatibilidad entre donantes y huéspedes es la clave para evitar el rechazo de órganos después de los trasplantes.