La microfauna son animales pequeños y organismos unicelulares visibles solo bajo un microscopio. Por lo general, se definen como criaturas de menos de 0.1 mm (100 micrones) de tamaño, y la mesofauna como organismos entre 0.1 mm y 2 mm de tamaño, aunque las definiciones pueden variar.
En el suelo, la microfauna se puede encontrar en grandes cantidades, generalmente varios miles por gramo. Cualquiera puede tomar un poco de tierra húmeda, ponerla bajo un microscopio y encontrar estos organismos. Algunos de los ejemplos más comunes e importantes son los protozoos (eucariotas unicelulares), los ácaros (entre los más diversos y exitosos de todos los animales), colémbolos (relacionados con los insectos), nematodos (criaturas transparentes parecidas a gusanos), rotíferos (llamados así por su forma de rueda piezas bucales ciliadas) y tardígrados, también conocidos como «osos de agua», uno de los organismos más resistentes de la naturaleza. La microfauna se puede encontrar en todo el mundo, dondequiera que haya suelo húmedo, y también en otros lugares. Se han encontrado colémbolos en los valles secos de McMurdo en la Antártida, uno de los lugares más fríos y secos de la Tierra.
La microfauna está acompañada de microflora, que incluye algas, bacterias, hongos y levaduras, capaces de digerir casi cualquier sustancia orgánica, y algunas sustancias inorgánicas, como TNT y caucho sintético.
Los animales más grandes que también se encuentran en el suelo se denominan mesofauna, como lombrices de tierra, artrópodos y nematodos grandes, y macrofauna, que incluye mamíferos excavadores como topos y conejos. La microfauna es la menos conocida de la vida del suelo, debido a su pequeño tamaño y gran diversidad. Muchos son miembros de los llamados «criptozoos», animales que no han sido descritos por la ciencia. De las 10-20 millones de especies animales estimadas en el mundo, solo 1.8 millones han recibido nombres científicos, y muchos de los millones restantes probablemente pertenecen a este grupo, muchos de ellos en los trópicos.
La microfauna vive en poros diminutos entre los granos de tierra y muchas son acuáticas. Algunos son sésiles, lo que significa que se adhieren a un sustrato durante toda su vida y nunca se mueven. Estos animales fertilizan a sus parejas liberando espermatozoides ciliados, mientras ellos mismos se quedan quietos. También se pueden encontrar en el cuerpo humano, y el hogar humano promedio tiene miles de ácaros que se ganan la vida digiriendo las células muertas de la piel.