La microfaune est constituée de petits animaux et d’organismes unicellulaires visibles uniquement au microscope. Habituellement, ils sont définis comme des créatures d’une taille inférieure à 0.1 mm (100 microns), la mésofaune étant des organismes d’une taille comprise entre 0.1 mm et 2 mm, bien que les définitions puissent varier.
Dans le sol, la microfaune peut être trouvée en grand nombre – généralement plusieurs milliers par gramme. N’importe qui peut prendre un peu de sol humide, le passer au microscope et trouver ces organismes. Certains des exemples les plus courants et les plus importants sont les protozoaires (eucaryotes unicellulaires), les acariens (parmi les plus divers et les plus réussis de tous les animaux), les collemboles (liés aux insectes), les nématodes (créatures transparentes ressemblant à des vers), les rotifères (du nom de leur forme de roue pièces buccales ciliées) et les tardigrades, également connus sous le nom d’ours d’eau, l’un des organismes les plus résistants de la nature. La microfaune peut être trouvée dans le monde entier, partout où il y a un sol humide, ainsi que dans d’autres endroits. Des collemboles ont été trouvés dans les vallées sèches de McMurdo en Antarctique, l’un des endroits les plus froids et les plus secs de la planète.
La microfaune s’accompagne de la microflore, qui comprend des algues, des bactéries, des champignons et des levures, capables de digérer à peu près n’importe quelle substance organique, et certaines substances inorganiques, telles que le TNT et le caoutchouc synthétique.
Les plus gros animaux également présents dans le sol sont appelés mésofaune, comme les vers de terre, les arthropodes et les gros nématodes, et la macrofaune, qui comprend les mammifères fouisseurs comme les taupes et les lapins. La microfaune est la moins connue de la vie du sol, en raison de sa petite taille et de sa grande diversité. Beaucoup sont membres des soi-disant «cryptozoaires», des animaux qui restent non décrits par la science. Sur les 10 à 20 millions d’espèces animales estimées dans le monde, seulement 1.8 million ont reçu des noms scientifiques, et bon nombre des millions restants appartiennent probablement à ce groupe, dont beaucoup vivent dans les tropiques.
La microfaune vit dans de minuscules pores entre les grains de sol, et beaucoup sont aquatiques. Certains sont sessiles, c’est-à-dire qu’ils s’attachent à un substrat toute leur vie et ne bougent jamais. Ces animaux fécondent leurs partenaires en libérant des spermatozoïdes ciliés, alors qu’ils restent eux-mêmes sur place. Ils peuvent également être trouvés sur le corps humain, et la maison humaine moyenne compte des milliers d’acariens qui gagnent leur vie en digérant les cellules mortes de la peau.