Existem várias coberturas diferentes para cupcakes, algumas delas muito tradicionais e outras muito complexas e únicas. Para um doce, a cobertura padrão, o buttercream ou o glacê real são os mais populares. Quando decorado de forma elaborada, o maçapão pode ser cortado para combinar com a superfície e empilhado na espessura desejada para suportar estatuetas de plástico ou açúcar. Chantilly, compotas de frutas, chocolate derretido ou molhos feitos de nozes podem ser usados como coberturas para cupcakes. Coberturas simples podem ser feitas apenas polvilhando a superfície do cupcake com um pouco de açúcar em pó, cacau em pó ou contas coloridas de açúcar.
Uma das coberturas mais conhecidas para cupcakes é a cobertura de buttercream. Isso é feito simplesmente com manteiga que foi batida até ficar cremosa e então misturada com açúcar. É versátil e pode ser aromatizado com baunilha, chocolate ou licor e colorido com algumas gotas de corante alimentar. Pode fornecer um sabor rico e cremoso aos cupcakes que acompanham.
O glacê real, que é um glacê à base de açúcar que seca em um estado sólido e açucarado, pode ser usado para fazer uma crosta crocante em cima dos cupcakes. Como o creme de manteiga, pode ser aromatizado e colorido para se adequar à situação. A cobertura geralmente é usada com maçapão, uma folha maleável de pasta de amêndoa e açúcar, porque o maçapão pode criar uma superfície plana e limpa e a cobertura real pode fazer padrões sólidos e decorações em cima dela.
Para certos eventos, coberturas especiais para cupcakes podem ser feitas de confeitaria normal e colocadas em cima de uma base de cobertura. Isso pode incluir cachos de chocolate raspado ou pedaços de frutas que foram mergulhados em xarope simples para dar a eles uma aparência brilhante. Flocos de chocolate branco, avelãs raladas ou pedaços de doces pré-fabricados ou granulados decorativos podem ser colocados por cima para dar sabor extra.
Também existem moldes disponíveis que podem ser preenchidos com chocolate derretido ou açúcares coloridos que criam designs tridimensionais (3D) como borboletas, flores ou estrelas que podem ser usados como coberturas extravagantes para cupcakes. Diferentes tipos de frutas, como maçãs e peras, podem ser esculpidos e posicionados para fazer pequenas estatuetas comestíveis. Qualquer substância doce, como chocolate ou glacê real, que pode ser regada como um líquido antes de endurecer pode ser usada em papel de cera para criar formas sólidas e delicadas que podem ser retiradas do papel e colocadas em cima de um cupcake que foi fosco.
Alimentos que podem ser moídos também podem ser transformados em coberturas para cupcakes polvilhando-os sobre a superfície congelada. Amêndoas ou amendoins moídos, biscoitos de chocolate triturados ou biscoitos de graham, todos funcionam bem. Para uma cobertura mais elaborada, um molho espesso feito de frutas reduzidas e coberto com molho de caramelo pode adicionar doçura e textura ao cupcake.