Existem vários tipos de enzimas do sistema digestivo, cada uma projetada para decompor diferentes partes dos alimentos, que podem ser encontradas em diferentes pontos do sistema digestivo. As principais categorias de enzimas são amilase, lipase, protease e nuclease. As glândulas na boca, estômago, intestino delgado e pâncreas secretam alguns ou todos esses alimentos à medida que o alimento passa ao longo do trato digestivo, para que possa ser decomposto e utilizado pelo organismo. A maioria das enzimas digestivas é encontrada no suco pancreático, embora também esteja presente na saliva e nos sucos digestivos gástricos.
Uma das primeiras enzimas para iniciar o processo de digestão é a amilase. Este tipo de enzima é projetado para quebrar carboidratos em açúcares simples que o corpo pode processar. Primeiro é secretado na boca pelas glândulas salivares, onde começa a digerir alimentos como frutas, legumes e feijão. Mais amilase é produzida pelo pâncreas e enviada ao intestino delgado, onde continua a ajudar a quebrar os carboidratos. Existem várias subcategorias de amilase, cada uma projetada para processar certos tipos de carboidratos; por exemplo, a lactase decompõe os açúcares do leite e a sacarase decompõe amidos e açúcares complexos.
A protease é o grupo de enzimas do sistema digestivo que decompõe as proteínas contidas nas carnes, nozes e queijos. O estômago e o pâncreas criam protease, de modo que o processamento das proteínas começa mais no sistema digestivo do que os carboidratos. A proteína precisa ser dividida em aminoácidos, essenciais para o funcionamento de todas as células. Os principais tipos de protease encontrados no corpo humano são pepsina e peptidase.
Outra das enzimas do sistema digestivo é a lipase. A função da lipase é decompor as gorduras, como as encontradas em óleos, carnes e laticínios. Alguma lipase é gerada na boca e no estômago, mas a maioria provém do pâncreas e atua no intestino delgado. Aqui, ele trabalha com a bile, gerada pelo fígado, que emulsiona as grandes moléculas de gordura, tornando-as menores para que a lipase possa quebrá-la ainda mais em glicerol e ácidos graxos.
O pâncreas também gera o final das enzimas do sistema digestivo, a nuclease. Esta enzima é feita para quebrar ácidos nucleicos como DNA e RNA. Atua para separar as ligações entre nucleotídeos, que liberam nitrogênio e açúcares simples.