La encomienda fue un sistema establecido por los españoles durante los esfuerzos iniciales de colonización emprendidos en América y Filipinas. El propósito era crear una fuerza laboral de los pueblos indígenas de estas áreas, así como imponer la religión católica a la población. A los colonos de Europa se les dio una cierta porción de la población que ellos comandarían. Los nativos trabajarían para su nuevo liderazgo, ofreciendo tributos como oro y suministrando alimentos. A cambio, los europeos les enseñarían el idioma español y las prácticas religiosas.
Este sistema fue utilizado por primera vez por Cristóbal Colón en la isla Hispaniola, actual Haití y República Dominicana. Empleó un sistema de retribución contra los nativos que se resistían a los principios de la encomienda, que se consideraba severo incluso para los estándares de la época. Utilizando la población local, comenzó a construir algunos de los primeros asentamientos, pero terminó diezmando a la población a través de enfermedades y desnutrición.
Dentro del sistema de encomienda, los nativos no eran considerados esclavos o sirvientes contratados, sino esencialmente pupilos de los europeos. A medida que los conquistadores continuaran dominando América Latina, se apoderarían de las tribus y utilizarían a los líderes como oficiales títeres. Estas poblaciones también se utilizaron a menudo como moneda de cambio entre los colonos españoles. Por ejemplo, una persona podría otorgar la tutela de un determinado grupo como parte de una dote en matrimonio.
Muchos historiadores señalan los beneficios de la encomienda como estabilizadores de la población local en tiempos de gran agitación. A medida que la guerra, el hambre y las enfermedades se extendían por las Américas, el sistema de trabajo y tributo mantuvo a raya a la población nativa sin avivar las llamas de una rebelión total contra la colonización. Con el transcurso del tiempo, particularmente en los siglos XVI y XVII, la encomienda resultó en grandes reducciones de poblaciones indígenas.
A diferencia de los sistemas inglés, holandés y francés, que obligaron a las poblaciones nativas a abandonar las áreas terrestres, el sistema español permitió que los indígenas conservaran sus regiones geográficas. En cambio, la encomienda promovió una segmentación de los colonos españoles en pequeños centros de población que gobernaban a los nativos. Esta es la razón por la que, a pesar de muchas atrocidades, la población nativa todavía está fuertemente representada en las regiones de América Latina cuando gran parte de los grupos de nativos americanos de América del Norte fueron efectivamente destruidos.
El concepto de encomienda fue adoptado por la Corona española en 1503 durante los primeros días de la colonización. Primero se implementó para recompensar a los oficiales militares que lideran la carga de exploración en las Américas. El sistema también funcionó en beneficio de los españoles al mantener a la población bajo control. En el transcurso de los dos siglos siguientes, la práctica se convirtió en principios de trabajo forzoso no muy alejados de la esclavitud. Debido a este hecho, la Corona desmanteló efectivamente el concepto en 1720.