Hay muchos problemas diferentes de computación en la nube que han surgido en las décadas de 2000 y 2010 a medida que la computación en la nube se ha vuelto más frecuente. Algunas de las mayores preocupaciones son las relacionadas con el control y la seguridad de la información personal, que queda bajo la protección de la empresa de la nube y fuera de la seguridad del propio servidor de una persona. Si bien continúan surgiendo inquietudes, los proveedores de la nube trabajan para resolver los problemas de la computación en la nube antes de que se conviertan en un inconveniente para sus clientes.
Uno de los mayores problemas de la computación en la nube es el de la seguridad. Los proveedores de la nube alojan una gran cantidad de datos en sus servidores y a muchas personas y empresas les preocupa que los datos almacenados en ubicaciones remotas puedan ser pirateados por un ladrón o un ex empleado. Los proveedores, sin embargo, invierten una gran cantidad de recursos en seguridad, a menudo más de lo que lo haría una persona o empresa promedio.
La transferencia de datos de una computadora o sistema a otro es otro de los problemas de computación en la nube que preocupan a muchas personas. Con la creación y el uso de múltiples programas y formatos, los datos deben poder transferirse fácilmente de un sistema a otro. Si bien hay algunos proveedores en la nube que almacenan datos de formas que dificultan la recuperación de algunos sistemas operativos, muchos proveedores utilizan formatos que se convierten fácilmente entre sistemas operativos y programas. Esto se conoce como soporte multiplataforma.
La capacidad de acceder a los datos es otro de los problemas de la computación en la nube. En la computación en la nube, los datos se almacenan en servidores remotos en posesión del proveedor y se accede a ellos a través de Internet. Una interrupción en el servicio de Internet o en la función de los servidores puede interferir con la capacidad del usuario para acceder a sus datos. Los proveedores de la nube anticipan tales interrupciones e intentan compensarlas con sistemas y servidores de respaldo a los que el cliente puede acceder si los principales no funcionan.
Otro problema de la computación en la nube es el de la propiedad de los datos y los derechos de propiedad intelectual. Los acuerdos entre el proveedor de la nube y el cliente describen los problemas legales que pueden surgir si las dos partes impugnan la propiedad de la información almacenada en la nube. La mayoría de los proveedores de la nube tienen acuerdos que establecen claramente que cualquier propiedad que un cliente coloque en la nube sigue siendo propiedad del cliente.