Uma farmácia independente pertence e é operada por um único proprietário ou grupo de proprietários de pequenas empresas. Este tipo de farmácia geralmente não está associada a uma rede de varejo ou marca, a menos que seja uma franquia. Os proprietários e operadores trabalham por conta própria e devem projetar suas próprias estratégias de marketing e atendimento ao cliente. Algumas farmácias independentes podem pertencer a uma organização nacional ou local que as ajuda a garantir preços com desconto nos suprimentos e a aproveitar as vantagens de uma rede de distribuição simplificada.
A principal diferença entre uma farmácia independente e um local de farmácia que faz parte de uma rede de varejo é que um indivíduo ou um pequeno grupo de indivíduos gerencia o negócio. Em vez de receber orientação de um escritório corporativo ou um salário garantido, um farmacêutico independente assume as responsabilidades financeiras e administrativas de possuir o negócio. É semelhante a possuir uma mercearia independente, uma agência de seguros ou um serviço de tosa de cães. Para ter lucro e sustentar as operações, o farmacêutico geralmente precisa elaborar um plano de negócios que controle as despesas e gere receitas adequadas.
O pessoal de uma farmácia independente é normalmente contratado e administrado pelo proprietário. Freqüentemente, o proprietário trabalha mais horas do que os funcionários, especialmente nos estágios iniciais da existência da farmácia. Os proprietários devem decidir quantos funcionários a empresa pode pagar, bem como sua programação, taxa de pagamento e pacote de benefícios do funcionário. Alguns operadores compram um negócio existente de outro proprietário, iniciam seu próprio local ou adquirem um local de franquia com uma marca estabelecida.
As despesas e pedidos de suprimentos também são geralmente gerenciados pelo proprietário de uma farmácia independente. Por exemplo, todos os equipamentos necessários, incluindo caixas registradoras e veículos de entrega, são adquiridos e mantidos pelo proprietário da empresa. Alguns países têm associações nacionais às quais farmácias independentes podem aderir para ajudá-las a negociar com seguradoras e fornecedores de medicamentos controlados. Essas associações normalmente mantêm uma grande rede de distribuição que entrega os produtos solicitados em locais independentes, que podem simular a distribuição interna de uma empresa maior.
O proprietário de uma farmácia independente também é responsável pelo desenvolvimento de estratégias promocionais e de atendimento ao cliente. Em termos de serviço, o proprietário normalmente decide como o local se diferenciará de seus concorrentes da rede de varejo. Um grau mais alto de personalização é uma estratégia comum de atendimento ao cliente, pois os orçamentos promocionais podem ser apertados para o proprietário de uma pequena empresa. Um dos principais benefícios para o proprietário é a capacidade de executar suas próprias ideias e, eventualmente, determinar seu próprio cronograma de trabalho.