Damit die Scheckverarbeitung funktioniert, finden normalerweise mehrere separate Transaktionen statt. Der erste Prozessschritt erfolgt, wenn ein Scheck von der auf dem Girokonto genannten Person oder Stelle autorisiert wurde. Die Bank, die das Girokonto führt, bestätigt in der Regel die Bankleitzahl des Schecks, die Girokontonummer und den von der natürlichen oder juristischen Person ausgestellten Scheckbetrag. Nach der Schecküberprüfung leitet ein Zahlungsabwicklungsunternehmen das Geld auf das Geschäftskonto des Händlers weiter. Während einige Händler über ihre eigenen Scheckverarbeitungssysteme verfügen, entscheiden sich einige dafür, ein Drittanbietersystem zu verwenden, um die Transaktion von Anfang bis Ende zu erleichtern.
Normalerweise leistet eine natürliche oder juristische Person eine Zahlung auf eine von drei Arten per Scheck. Bei einer persönlichen Transaktion verwendet der Kunde einen Papierscheck, den der Verkäufer vor Ort bearbeitet. In einigen Situationen entscheiden sich Kunden dafür, Scheckzahlungen per Post zu senden, wobei der Transaktionsprozess genauso funktioniert, als ob die Zahlung persönlich eingegangen wäre. Eine andere Möglichkeit, eine Transaktion per Scheck zu bezahlen, ist eine Online-Transaktion, bei der der Kaufbetrag basierend auf Routing- und Girokontonummern vom Konto abgebucht wird.
Der Ablauf ist nahezu gleich, egal ob die Zahlung per Scheck persönlich, per Post oder online erfolgt. Die Bankleitzahl, die Girokontonummer und der Kaufbetrag durchlaufen ein elektronisches System. Der Zahlungsvorgang wird in der Regel auf dem Kontoauszug des Kunden mit der Schecknummer oder einem Identifikationscode verbucht, der anzeigt, dass eine elektronische Scheckzahlung verarbeitet wurde.
Die Zeit, die für die Scheckverarbeitung benötigt wird, kann in Abhängigkeit von Variablen wie Händler, Bankinstitut und Komplexität der Verarbeitungstransaktion variieren. Die Scheckverarbeitungstransaktion wird normalerweise innerhalb von ein bis drei Tagen auf dem Konto eines Kunden abgeschlossen. Dieser Vorgang kann jedoch zwischen dem Händler und dem Drittsystem länger dauern.
Das Verfahren zur Verarbeitung von Schecks hängt normalerweise von der Ausgereiftheit des Scheckverarbeitungssystems ab. Manchmal wird der Zahlungsbetrag sofort verarbeitet. In anderen Fällen kann das verarbeitende Unternehmen die Gelder bis zum Abschluss des Zahlungsvorgangs zurückhalten. Bei anderen Systemen, die die Transaktion weder sofort verarbeiten noch Gelder einbehalten, kann der Vorgang bis zu drei Tage dauern.
Die Bank kann die Zahlung entweder autorisieren oder ablehnen. Dies könnte von den finanziellen Vereinbarungen zwischen Bank und Kunde abhängen. Wenn Kunde und Bank keine Zahlungsvorkehrungen treffen, kann eine unzureichende Deckung zu einer Belastung des Händlers führen. Normalerweise berechnet das Zahlungsabwicklungsunternehmen dem Händler eine Gebühr für den zurückgegebenen Artikel.
Einige Kunden verfügen möglicherweise über einen Überziehungsschutz, der es der Bank ermöglicht, eine Zahlung zu genehmigen, obwohl das Konto nicht über ausreichende Deckung verfügt. Im Allgemeinen werden Gelder von einem separaten Konto überwiesen, um den Betrag zu decken, zusammen mit zusätzlichen Bearbeitungsgebühren. Die Methode der Scheckverarbeitung wird sich aus Sicht des Drittsystems normalerweise nicht ändern.