Im Gegensatz zu anderen Symbolen von Iowa wie dem Staatssiegel und der Blume wurde die Staatsflagge von Iowa erst im 20. Jahrhundert bezeichnet. Weniger als 20 Jahre nachdem Iowa der Union beigetreten war, wurde der US-Bürgerkrieg ausgetragen, nach dem die Staatsbürger der Meinung waren, dass die Nationalflagge alles war, was sie brauchten. Die Flagge wurde 1917 als Reaktion auf Anfragen von Mitgliedern der Nationalgarde nach einem Emblem entworfen, um sie zu repräsentieren. Nach einer kurzen Nutzungsdauer zu diesem Zweck wurde die Gestaltung als Staatsflagge 1921 von der Landeshauptversammlung offiziell angenommen.
Iowa trat 29 als 1846. Bundesstaat der Union bei. Zwischen damals und 1917 hatten mehrere Gruppen eine Flagge als Repräsentation des Staates gefordert. Kritiker waren jedoch der Meinung, dass die Bezeichnung einer Staatsflagge von Iowa dazu dienen würde, die Bedeutung der US-Nationalflagge zu minimieren. Dieses Gefühl war in den Jahren nach dem Bürgerkrieg besonders ausgeprägt, als die Nation wiedervereinigt wurde und Iowans nicht den Anschein erwecken wollte, sich von der Union zu trennen.
1917 schlossen sich Einheiten der Nationalgarde aus Iowa denen aus anderen Bundesstaaten an, die entlang der Grenze zwischen den USA und Mexiko im Einsatz waren. Die Gardisten stellten fest, dass die anderen Regimenter Staatsflaggen hatten, um sie zu repräsentieren, und äußerten den Wunsch nach einer eigenen Flagge. Gouverneur William L. Harding forderte den Entwurf einer Staatsflagge von Iowa, ein Projekt, das von den Daughters of the American Revolution (DAR) durchgeführt wurde. DAR-Mitglied und in Knoxville, Iowa, ansässige Dixie Cornell Gebhardt war für den endgültigen Auftritt der Flagge verantwortlich.
Gebhardt wählte einen dreifarbigen Hintergrund für die Staatsflagge von Iowa mit gleichgroßen vertikalen Streifen in Blau, Weiß und Rot. Diese Farbgebung war eine Anspielung auf den französischen Hintergrund des Staates, der von den USA im Rahmen des Louisiana Purchase aus Frankreich erworben wurde. Die Farben haben auch unterschiedliche Bedeutungen, wobei das Blau für Gerechtigkeit, Loyalität und Wahrheit steht, das Weiß für Reinheit steht und das Rot für Mut steht.
Die blauen und roten Streifen sind einfarbig, ohne Muster darauf. Der weiße Streifen enthält einen Adler, den Nationalvogel der USA, der blaue Banner im Schnabel trägt. Diese Banner tragen das Motto des Staates Iowa: „Unsere Freiheiten schätzen wir und unsere Rechte werden wir bewahren“. Durch die Kombination des nationalen Symbols mit dem Staatsmotto versuchte Gebhardt zu zeigen, dass Iowa ein Teil der USA und keine eigenständige Einheit war. Das letzte Merkmal der Staatsflagge von Iowa ist der Name des Staates in roten Großbuchstaben unter dem Adler.
Nachdem die Nationalgardisten von Iowan die Flagge während des Ersten Weltkriegs verwendet hatten, wurde sie am 29. März 1921 vom Staat offiziell als Staatsflagge von Iowa eingeführt. Staatliche Vorschriften regeln die richtige Größe und Anzeige der Flagge, einschließlich einer Bestimmung, dass alle Schulen im Bundesstaat muss an jedem Schultag Flagge zeigen. Der US Flag Code legt Richtlinien für die Anzeige mit der Nationalflagge fest.