Ein Assay ist ein Test, der entwickelt wurde, um die Originalteile einer Zelle in leicht zu identifizierende Teile zu zerlegen. Der elektrophoretische Mobilitäts-Shift-Assay ist ein Experiment, das Elektrizität verwendet, um Makromoleküle, wie Proteine, durch eine Gelmatrix zu bewegen, um eine Trennung zwischen den verschiedenen Makromolekülen basierend auf der Größe zu bewirken. Wie bei einer Autobatterie befinden sich die negativen und positiven Enden auf gegenüberliegenden Seiten des elektrophoretischen Mobilitäts-Shift-Assays oder Gel-Shift-Assays. Dies bewirkt, dass Elektrizität die Makromoleküle aufgrund der Ladung anzieht. Jedes Makromolekül bewegt sich mit einer anderen Geschwindigkeit, da kleinere weniger Störungen durch das Gel erfahren.
Mehrere Schritte sind erforderlich, um einen elektrophoretischen Mobilitäts-Shift-Assay einzurichten. Die zu trennenden Makromoleküle müssen zuerst hergestellt werden. Die meisten Makromoleküle werden aus lebenden Zellen gewonnen und erfordern spezielle Verfahren. Die Gewinnung der zu trennenden Teile erfordert oft eine Zentrifuge und eine chemische Reaktion, die die Zellen aufspaltet. Die Zentrifuge dreht ein Fläschchen mit hoher Geschwindigkeit und bildet ein Pellet der benötigten Makromoleküle. Dieser wird aufgelöst und oft wird eine Farbe oder ein anderer Marker hinzugefügt, um den Gel-Shift-Assay zu verfolgen.
Das Gel, manchmal auch Bett genannt, muss ebenfalls frisch aus einer präzisen Mischung aus pulverisierter Agarose und Wasser hergestellt werden, die sich schnell von einer Flüssigkeit in ein Gel verwandelt. Üblicherweise weist ein elektrophoretischer Mobilitäts-Shift-Assay mehrere Spuren für separate Assays auf, die verwendet werden, um verschiedene Makromolekülgemische zu vergleichen. Eine Spur wird immer als Kontrolle eingestellt und enthält normalerweise nur eine Art von Makromolekül.
Die Stromquelle sollte sorgfältig ausgewählt werden und wird erst angeschlossen, wenn alles fertig ist. Die Dauer des Einschaltens bestimmt die Mobilitätsverschiebung der Makromoleküle. Es ist wichtig, die Teile für eine ordnungsgemäße Analyse ausreichend zu trennen. Wenn die Leistung nicht richtig getaktet ist, werden auch zukünftige Vergleiche ungenau sein. Die Richtung der Makromoleküle wird durch ihre natürliche Ladung bestimmt – die meisten bewegen sich in Richtung des negativen Endes.
Einfache genetische Tests und Proteinanalysen werden üblicherweise mit einem elektrophoretischen Mobilitäts-Shift-Assay durchgeführt. Dies wird durch unterschiedliche Verschiebungen in verschiedenen Fahrspuren angezeigt. Kommt es zu einer Wechselwirkung, verbinden sich die Makromoleküle und laufen im Vergleich zur Kontrollspur mit nur einem Makromolekül langsamer durch die Matrix. Gel-Shift-Assays werden verwendet, um genetische Ergebnisse schnell zu eliminieren oder zu bestätigen, deren Fertigstellung mit komplizierten Methoden länger dauern könnte. Sie können auch feststellen, ob Antikörper, ein Makromolekül des Immunsystems, an Proteinen haften, die zur Bekämpfung von Bakterien und Viren verwendet werden können.