In biochimica, l’elettroforesi su gel dell’RNA è un metodo comune utilizzato per analizzare la molecola biologica chiamata acido ribonucleico (RNA). L’elettroforesi su gel separa le molecole per dimensione e carica mentre vengono “setacciate” attraverso un foglio costituito da una sostanza chimica gelatinosa. Questo processo è più spesso impiegato nei laboratori per analizzare frammenti di acido desossiribonucleico (DNA) o RNA, molecole che contengono le informazioni genetiche di un organismo. L’elettroforesi su gel di RNA differisce leggermente dall’elettroforesi su gel di DNA nella procedura, poiché le molecole di RNA, a differenza del DNA, sono catene a singolo filamento che tendono a ripiegarsi in strutture. Ciò rende la separazione per dimensione più difficile per i frammenti di RNA.
Il primo passo nell’elettroforesi su gel dell’RNA è l’isolamento delle molecole di RNA dalle cellule biologiche del campione. Il tessuto campione viene sciolto in una miscela specifica di sostanze chimiche e purificato per rimuovere l’enzima RNasi, le proteine e il DNA. È particolarmente importante che il campione non venga contaminato con RNasi in nessun momento del processo, poiché l’RNasi catalizza la degradazione delle molecole di RNA, provocandone la rottura. Dopo che il campione è stato purificato, viene raffreddato e viene aggiunta un’altra sostanza chimica per far precipitare l’RNA o farla cadere come solido dalla soluzione. Il campione viene quindi messo in una centrifuga, che lo fa girare ad alta velocità e isola il precipitato solido sul fondo della provetta.
In una procedura di elettroforesi su gel di DNA o RNA, le molecole biologiche purificate vengono aggiunte ai pozzetti in un’estremità di un foglio di gel piatto. Una corrente elettrica viene quindi fatta passare attraverso il gel. Poiché le molecole di DNA e RNA sono cariche negativamente, vengono attratte dall’elettrodo positivo all’estremità del gel e migrano attraverso i pori del gel verso quell’estremità. I pori nel gel sono di dimensioni fisse, quindi i frammenti più piccoli del DNA o dell’RNA migrano più rapidamente dei frammenti più grandi, che hanno più difficoltà a navigare attraverso la matrice porosa.
Dopo che il gel è stato utilizzato per un periodo di tempo specificato, la corrente elettrica viene interrotta e vengono esaminati i risultati. Le molecole di DNA o RNA possono essere colorate e rese visibili a questo punto. Ogni frammento apparirà come una banda in un punto diverso del gel, a seconda di quanto è stato in grado di migrare date le sue dimensioni. La separazione dei frammenti per dimensione può essere utile per confrontare i campioni, come in medicina legale, per determinare se c’è una corrispondenza: campioni identici avranno modelli di bande identici.
Nell’elettroforesi su gel di RNA, è necessaria la fase aggiuntiva di denaturazione prima che il gel possa essere eseguito. In condizioni normali, le molecole di RNA si aggregano o si ripiegano in strutture secondarie, influenzando la mobilità dei frammenti di RNA attraverso il gel. Per evitare che ciò accada, il campione di RNA deve essere denaturato aggiungendo una sostanza chimica, come la formaldeide, al campione e al gel.