Die CNC-Router-Software unterscheidet den Computer Numerical Controlled (CNC)-Holzfräser von anderen Arten von Fräsern. Computer-Aided Design (CAD)-Software, Computer-Aided Manufacturing (CAM)-Software oder eine Kombination aus beiden wird in der CNC-Router-Software verwendet. Obwohl es eine Reihe von Softwareprogrammen gibt, die in diese Kategorien fallen, unterscheiden sie sich alle grundlegend auf der Grundlage der Achsen. Stehen nur zwei Achsen zur Verfügung, kann nur zweidimensional gearbeitet werden, sind drei Achsen vorhanden, können dreidimensionale Projekte verfolgt werden.
Obwohl es einige Zeit dauern kann, alle Anweisungen für die CNC-Router-Software zu lernen, ist die grundlegende Funktionsweise recht einfach. Eine Person, die an der CNC-Fräsmaschine arbeitet, gibt einen Satz von Vektorgrafiken und Koordinaten in ihr CAD/CAM-Softwareprogramm ein, der dem Design entspricht, das sie produzieren möchte. Da der Computer, auf dem die CNC-Router-Software arbeitet, mit dem Router selbst verbunden ist, werden die in das Softwareprogramm eingegebenen Befehle an die Router-Blades übertragen, die die physische Arbeit während des Projekts ausführen.
Jede dieser Klingen kann man sich so vorstellen, dass sie auf einer bestimmten Achse arbeitet. Die Koordinaten, die in die CNC-Software eingegeben werden, geben dem Router die Positionen entlang der Achsen an, die er zu jedem Zeitpunkt über ein festgelegtes Intervall einnehmen muss. X-Achsen- und Y-Achsen-Koordinaten befehlen das zweidimensionale Schneiden eines Objekts, wie z. B. eines Designs auf einer Tischplatte. Entlang der Z-Achse wird dreidimensionale Arbeit verrichtet. In der CNC-Software können die Koordinaten der Z-Achse Befehle an die Fräsermesser weitergeben, die nicht nur dreidimensionale Objekte wie Kugeln, sondern auch dreidimensionale Innenschnitte, wie sie beispielsweise beim Aushöhlen eines Zylinders erforderlich wären, ergeben.
Andere Arten von Holzfräsern sind auf dem Markt, wie der Trimmfräser, der Fräser mit fester Basis und der Tauchfräser, aber der CNC-Fräser sticht als einziger hervor, der von Computersoftware gesteuert wird. Alle anderen haben Klingen und Werkzeuge, die von der Person, die die Oberfräse selbst bearbeitet, positioniert und bewegt werden müssen. Er bewegt vielleicht nicht die Klingen selbst, aber er bewegt Maschinenteile, die die Bewegung der Klingen steuern. Bei anderen Oberfräsen gibt es bestimmte Einstellungen, mit denen bestimmte Schnitttiefen und Schnittarten festgelegt werden können, aber da menschliche Hände an der Bewegung der Oberfräsenmesser beteiligt sind, besteht Spielraum für Fehler. Zitternde Hände und falsch eingeschätzte Schätzungen stellen mit dem CNC-Router kein Problem dar, da die CNC-Router-Software bestimmte Bewegungen basierend auf den eingegebenen Vektorgrafiken und Koordinaten diktiert; die ganze Arbeit wird vom Router selbst erledigt, der seine Anweisungen von der Software erhält.