Das Drei-Domänen-System ist eine Methode zur Klassifizierung von zellulärem Leben, die ursprünglich von Carl Woese im Jahr 1990 vorgeschlagen wurde. Während das Drei-Domänen-System auf anfänglichen Widerstand stieß, wurde es dank wissenschaftlicher Entdeckungen, die Woeses Vorschlag unterstützten, inzwischen weithin akzeptiert . Unter dem Drei-Domänen-System kann alles zelluläre Leben in drei Domänen unterteilt werden: Archaeen, Bakterien und Eukaryota, und jede Domäne kann weiter in Königreiche, Stämme, Klassen usw. unterteilt werden.
Dieses Klassifizierungssystem unterscheidet zwischen eukaryontischen Organismen, Organismen, die Zellen aufweisen, die einen Kern enthalten, und zwei Arten von prokaryontischen Organismen, Organismen mit Zellen, denen ein Kern fehlt. Ursprünglich wurden Archaea und Bakterien beide als Prokaryoten zusammengefasst, obwohl jede Gruppe ihr eigenes Königreich hatte. Woese argumentierte, dass Archaeen und Bakterien so unterschiedlich seien, dass sie tatsächlich in getrennte Domänen gehörten, nicht nur in getrennte Königreiche.
Die Unterschiede zwischen Archaeen und Bakterien haben in erster Linie mit komplexer Genetik zu tun. Als Woese seinen Vorschlag zum ersten Mal veröffentlichte, schien die genetische Forschung darauf hinzudeuten, dass die beiden Königreiche von einem gemeinsamen Vorfahren abstammen und dass sie ähnlich genug waren, dass sie keine separaten Domänen benötigten. Infolgedessen wurde das Drei-Domänen-System zunächst mit Skepsis betrachtet.
Weitere Forschungen zeigten jedoch, dass Woese tatsächlich Recht hatte und dass diese Organismen genetisch so unterschiedlich waren, dass sie ihre eigenen Domänen brauchten. Archaeen und Bakterien sind beide prokaryotisch, aber ihre zellulären Strukturen sind deutlich unterschiedlich, und sie haben eine sehr unterschiedliche ribosomale RNA, was darauf hindeutet, dass diese Domänen vor sehr langer Zeit divergiert und weitgehend nicht miteinander verwandt sind. Das Drei-Domänen-System zur Klassifizierung von Organismen scheint jetzt genauer zu sein als frühere Systeme, nachdem Beweise dafür gefunden wurden.
Innerhalb von Archaea gibt es nur ein Königreich, auch Archaea genannt. Die Bakteriendomäne beherbergt auch nur ein Königreich, das als Bakterien bekannt ist. Eukaryota kann in vier Königreiche unterteilt werden: Tiere, Pflanzen, Pilze und Protisten. Innerhalb jeder Domäne gibt es eine riesige Vielfalt an Leben, von extremophilen Archaeen, die in Umgebungen gedeihen, die das meiste Leben auf der Erde töten würden, bis hin zu zerbrechlichen tropischen Orchideen im Pflanzenreich.
Dieses System ist besonders wichtig für Personen, die prokaryontische Organismen untersuchen, da das Drei-Domänen-System den Unterschied zwischen Bakterien und Archaeen unterstreicht. Forscher spezialisieren sich in der Regel auf das eine oder andere und nutzen die genetische Forschung, um mehr über die von ihnen untersuchten Organismen zu erfahren. Einige Leute verwenden immer noch das Zwei-Imperium-System, das das Zellleben in Prokaryota und Eukaryota und dann in die jeweiligen Königreiche unterteilt, aber dies wird immer seltener.