Tief im Zentrum des Gehirns gelegen, umgeben die linken und rechten Basalganglien den Thalamus und bilden einen wichtigen Teil des Vorderhirns. Es wird angenommen, dass diese Ganglien in Struktur und Funktion symmetrisch sind. Obwohl das Wissen über Hirnerkrankungen, die die linken Basalganglien betreffen, reichlich vorhanden ist, muss noch eine schlüssige, kohärente Theorie über ihre Funktion entwickelt werden. Es wird angenommen, dass diese Region des Gehirns an exekutiven Funktionen, Lernen und Emotionen beteiligt ist. Experimentelle Studien haben gezeigt, dass diese Ganglien an der Aktivitätsselektion, dem Aktivitätswechsel und der Bewegung beteiligt sind, aber wie sie ihre hemmende Aktivität nutzen, um Motoneuronen zu aktivieren, bleibt unklar.
Die häufigsten Erkrankungen der linken Basalganglien sind die Huntington-Krankheit und die Parkinson-Krankheit. Beide Erkrankungen sind durch Bewegungsanomalien sowie eine Abnahme der kognitiven Flexibilität und exekutiven Funktion gekennzeichnet. Dies verleiht der Theorie Glaubwürdigkeit, dass diese Hirnregion für vielfältige und komplexe Aufgaben im Gehirn verantwortlich ist.
Das Tourette-Syndrom und die Zwangsstörung wurden ebenfalls mit der Dysfunktion der linken Basalganglien korreliert. Dies ist nicht verwunderlich, denn viele Neurowissenschaftler vermuten, dass Aktivitätswechsel und -selektion auch von diesem Teil des Gehirns vermittelt werden könnten. Befunde, dass Sucht in dieser Region vermittelt werden könnte, stützen die Theorie, dass diese Ganglien Motivation und Verhaltenslernen regulieren.
Dies könnte helfen, die Bedeutung dieser Region im Gehirn von Wirbeltieren zu erklären. Jede Wirbeltierart besitzt zumindest die rudimentären Elemente der linken Basalganglien. Dies deutet darauf hin, dass es wahrscheinlich eine wichtige Rolle bei Bewegung, Verhalten und primitiven Motivationsimpulsen spielt.
Einige Experten glauben, dass die Verwendung des hemmenden Neurotransmitters Gamma-Aminobuttersäure (GABA) in den meisten seiner Neuronen anstelle des stimulierenden Neurotransmitters Glutamat durch die linken Basalganglien das Verständnis ihrer Funktion erschwert. Diese Neuronen üben ihre Aktivität aus, indem sie die Aktionen ihrer Ziele hemmen, daher gibt es unzählige Möglichkeiten, ihre Einflusszeichen umzukehren. Dies schafft die Möglichkeit für noch mehr Theorien darüber, welche neuronalen Gruppen zusammenarbeiten, um ihre Wirkung zu erzielen.
Trotz der Bedeutung von GABA in den Ganglien insgesamt weist einer seiner Abschnitte eine hohe Konzentration an cholinergen Neuronen auf. Die Zellen innerhalb des Striatums nutzen, obwohl sie nur einen kleinen Teil dieser Ganglien insgesamt ausmachen, fast ausschließlich den erregenden Neurotransmitter Acetylcholin. Eine beträchtliche Menge von Neuronen in der Region verwendet auch Dopamin. Dies ist der Neurotransmitter, von dem angenommen wird, dass er sowohl die Motivation als auch die Sucht mäßigt und eine Rolle beim Fortschreiten der Parkinson-Krankheit spielt, daher kann seine Bedeutung für die Gesamtfunktion der linken Basalganglien nicht hoch genug eingeschätzt werden.