Ein Gefängnisschiff ist ein Seeschiff, das zum Transport oder zur Unterbringung von Sträflingen, Staatsfeinden oder politischen Dissidenten verwendet wird. Diese Schiffe, die normalerweise von Kriegsländern in fremden Ländern in Auftrag gegeben wurden, waren eine bequeme Möglichkeit, unerwünschte Personen zurückzuhalten, ohne die Kosten einer dauerhaften Einrichtung an Land errichten zu müssen. Gefängnisschiffe waren oft umfunktionierte Schiffe, die zuvor von der Marine des Landes verwendet wurden.
Historisch gesehen waren Gefängnisschiffe während des amerikanischen Unabhängigkeitskrieges bei Großbritannien als Lager für gefangene Rebellensoldaten beliebt. Großbritannien benutzte auch Gefängnisschiffe, um Sträflinge in Strafkolonien auf anderen Kontinenten zu transportieren. Die Nazis benutzten schwimmende Gefängnisse, um Juden während des Zweiten Weltkriegs für den Transport in Konzentrationslager festzuhalten, und die Russen benutzten Schiffe, die Todesschiffe genannt wurden, um politische Dissidenten während des russischen Bürgerkriegs zu inhaftieren.
Der Einsatz eines Gefängnisschiffs war oft die Lösung für das Problem, was mit gefangenen Feinden in unkontrolliertem Gebiet oder in Zeiten weit verbreiteter Instabilität zu tun war. Die Gefangenen wurden nicht mit der Garantie einer eventuellen Freilassung, einer guten Behandlung bis zum Gerichtsverfahren oder sogar grundlegender humaner Lebensbedingungen in schwimmende Unterkünfte gebracht. Viele Gefangene starben unter erbärmlichen Bedingungen oder wurden im Konflikt von der einen oder anderen Seite abgeschlachtet.
Diese Art der Inhaftierung geriet im Laufe der Jahrhunderte in Ungnade, als internationale Standards für grundlegende Menschenrechte und die Behandlung von Gefangenen in Kriegszeiten etabliert wurden. Einige Gerichtsbarkeiten werden jedoch weiterhin ein Gefängnisschiff als offizielle Einrichtung in ihrem Strafvollzug verwenden. Unter diesen Umständen ist das verwendete Schiff speziell für die humane Unterbringung von Gefangenen konzipiert und nicht nur ein umfunktioniertes Militärschiff.
Obwohl allgemein angenommen wird, dass die Schrecken des Einsatzes von Schiffen zur außergerichtlichen Inhaftierung und Folter von Feinden in den unerklärlichen Weiten der Hohen See und ohne rechtliche Schritte zum Schutz der grundlegenden Menschenrechte eine historische Anomalie sind, wurde von Menschenrechtsgruppen beschuldigt, diese Praxis zum Halten und Transportieren feindlicher Kombattanten im Krieg gegen den Terror zu nutzen. Wie in früheren Kriegen scheint ein Gefängnisschiff der einfachste Weg für das Militär zu sein, Gefangene in fremdem Territorium zu behandeln. Die US-Regierung bestreitet jedoch, Schiffe als schwimmende Gefängnisse im historisch berüchtigten Sinne zu verwenden, und es ist nachgewiesen, dass Gefangene zumindest per Schiff an Orte außerhalb ihres Heimatlandes transportiert wurden.