Eine Geninteraktion ist ein Zusammenspiel mehrerer Gene, das einen Einfluss auf die Expression des Phänotyps eines Organismus hat. Während die Expression von körperlichen Merkmalen oft als Ergebnis der Vererbung von zwei Genen beschrieben wird, eines an jedem Allel von jedem Elternteil, ist es tatsächlich viel komplizierter. Gengruppen interagieren miteinander und erklären, warum Phänotypen zwischen einzelnen Mitgliedern einer Art so variabel sind. Das Verständnis der Geninteraktionen ist ein wichtiger Aspekt beim Verständnis der Vererbung, insbesondere der Vererbung schädlicher Merkmale.
Geninteraktionen können zur Veränderung oder Unterdrückung eines Phänotyps führen. Dies kann auftreten, wenn ein Organismus beispielsweise zwei verschiedene dominante Gene erbt, was zu einer unvollständigen Dominanz führt. Dies ist häufig bei Blumen zu beobachten, bei denen die Züchtung von zwei Blumen, die dominante Gene weitergeben, zu einer Blüte mit einer ungewöhnlichen Farbe führen kann, die durch unvollständige Dominanz verursacht wird. Dominieren beispielsweise Rot und Weiß, können die Nachkommen aufgrund einer Geninteraktion rosa oder gestreift sein.
Manchmal werden genetische Merkmale vollständig unterdrückt. Menschen mit Albinismus können Gene für Merkmale tragen, die in ihrem Phänotyp nicht exprimiert werden, da der Albinismus diese Gene ausschaltet. Dies zeigt sich auch in Farbmustern bei Tieren wie Schildpattkatzen, bei denen die ungewöhnliche Haarfarbe das Ergebnis selektiver Geninteraktionen ist, wobei Gene an einigen Stellen ausgeschaltet und an anderen eingeschaltet werden.
Die Fruchtfliege wird bekanntermaßen umfassend in der Genetik untersucht und ein Großteil des Verständnisses der Funktionsweise von Geninteraktionen stammt aus der Arbeit mit der Fruchtfliege in Laborumgebungen. In Organismen wie dem Menschen, in denen genetische Experimente als unethisch angesehen werden, sind Genetiker gezwungen, sich auf Daten der bestehenden Population zu verlassen, um mehr über dominante und rezessive Merkmale zu erfahren und zu sehen, wie Gruppen genetischer Merkmale interagieren können. Eine Geninteraktion ist das Ergebnis der Vererbung von Genen, die in irgendeiner Weise kollidieren, was es unmöglich macht, dass sie alle als kodiert exprimiert werden, oder die Vererbung einer Reihe miteinander verbundener Gene, die miteinander interagieren, um einen Phänotyp zu exprimieren.
Manchmal schränkt eine Geninteraktion die Produktion bestimmter Proteine ein, oft schon sehr früh in der fetalen Entwicklung. In anderen Fällen kann es die Kodierung von Proteinen stören, was zu einer verstümmelten Expression eines physikalischen Merkmals führt. Hybride zeigen oft eine Vielzahl interessanter Ergebnisse von Geninteraktionen. In einigen Fällen sind die Interaktionen von Vorteil und können sich zu eigenen genetischen Merkmalen entwickeln, während in anderen Fällen die Geninteraktion einen Nachteil verursachen kann und diese Merkmale schließlich aussterben.