In der Biologie ist eine Domäne die höchstmögliche Klassifizierung von Organismen. Nach dem modernen System, das als Drei-Domänen-System bezeichnet wird und 1990 von Carl Woese geschaffen wurde, gibt es drei: Eukaryota (Eukaryoten), Archaeen und Bakterien. Ältere Systeme umfassen das Zwei-Imperium-System, Prokaryota und Eukaryota, und das Sechs-Königreich-System, das Protista, Archaebacteria, Eubacteria, Fungi, Plantae und Animalia auflistet. Basierend auf genetischen Analysen und sorgfältigen Argumenten sind sich die meisten Wissenschaftler einig, dass das derzeitige System die Vielfalt des Lebens am besten klassifiziert.
Das System von Woese wurde dafür gelobt, dass es die mikrobielle Vielfalt betont und grundlegende Unterschiede zwischen Archaeen und Bakterien erkennt, genug, um sie in verschiedene Bereiche einzuordnen. Das Zwei-Imperium-System soll diese Unterschiede ignorieren, während das Sechs-Königreich-System die Unterscheidbarkeit von Pilzen, Pflanzen und Tieren überbetont, die alle Eukaryoten sind und aus komplexen Zellen mit Organellen und Kernen bestehen. Alle vielzelligen Tiere sind Eukaryoten.
Die grundlegendste Unterteilung in allem Leben ist die zwischen den Prokaryoten oder einfachen Zellen und Eukaryoten oder komplexen Zellen. Unterschiede in den 16S-rRNA-Genen zwischen Prokaryoten führten zu einer Aufteilung in die Archaeen- und Bakteriengruppen, während andere genetische Kontraste den Unterschied zwischen diesen Gruppen und den Eukaryoten deutlich machen.
Derzeit ist nicht bekannt, welche Domäne die älteste Organismenlinie der Welt ist, obwohl neuere Beweise auf Archaeen hinweisen. In Bezug auf die Biomasse sind Bakterien am zahlreichsten, wahrscheinlich gefolgt von Archaeen und dann Eukaryoten. Wenn Bakterien und Archaeen verschwinden würden, würden Eukaryoten wahrscheinlich aussterben, da die meisten Eukaryoten in Bezug auf Nahrung oder symbiotische Interaktionen wie Stickstofffixierung eng von diesen anderen Organismen abhängig sind. Beim Menschen sind symbiotische Magenbakterien notwendig, um komplexe Kohlenhydrate abzubauen.
Archaea ist die neueste anerkannte Gruppe, die 1977 als eigenständig identifiziert wurde. Ursprünglich wurden diese Organismen in extremen Umgebungen wie den heißen Quellen im Yellowstone Park gefunden, sind aber seitdem praktisch überall gefunden worden. Archaea umfassen einige der beeindruckendsten Extremophilen, dh Organismen, die bei extremen Temperaturen, Säuregehalt, Druck, Zuckerkonzentration, Sauerstoffmangel oder anderen Variablen gedeihen.