Zu den Aikido-Waffen gehören ein Holzschwert, das als Bokken bezeichnet wird; ein kurzer Stab, genannt Jo; und ein Messer, das Tanto genannt wird. Bokken, Jo und Tanto werden seit der Gründung in den 1920er Jahren von Morihei Ueshiba im Aikido-Training verwendet. Ueshiba wollte eine Art Kampfkunst schaffen, die den Schwung der Angreifer gegen sie nutzt. Dies ist ähnlich der Philosophie hinter Jujitsu. Entsprechend seiner Betonung der Verteidigung gegenüber der Offensive konzentriert sich das Aikido-Waffentraining nicht darauf, den Praktizierenden beizubringen, mit Waffen anzugreifen, sondern darauf, wie sie sich im Falle eines Angriffs verteidigen können. In einigen Aikido-Schulen wurden auch Schulungen zum Entwaffnungsangriff mit Schusswaffen durchgeführt.
Ein Bokken ist ein Holzschwert, das beim Aikido-Waffentraining verwendet wird. Es ist ausschließlich für Trainingszwecke gedacht und wird in einem tatsächlichen Kampfszenario nicht als zu zuverlässig angesehen. Seine Länge beträgt normalerweise etwa 40 Zoll (101.6 Zentimeter), ähnlich der Größe eines Katana – einem japanischen Samurai-Schwert – oder eines Shinai, einem Bambusschwert, das beim Kendo-Training verwendet wird. Es gibt kürzere Variationen von Bokkens, die unterschiedlich lange Schwerter imitieren sollen. Bokkens werden aus einer Vielzahl von Hölzern hergestellt, wie zum Beispiel weiße und rote Eiche, Jatoba und Hickory. Die mit dem Bokken verbundene Ausbildungsschule wird Aiki-ken genannt.
Das Jo ist ein weiteres Grundnahrungsmittel des Aikido-Waffentrainings. Das Jo ist ein kleiner Stab. Die Länge des Jo hängt von der Körpergröße des Übenden ab; senkrecht stehend sollte es bis knapp unter die Achsel reichen. Wie beim Bokken werden für die Herstellung des Jos verschiedene Holzarten verwendet. Die mit dem Jo verbundene Ausbildungsschule heißt Aiki-Jo.
Die dritte der klassischen Aikido-Waffen ist das Tanto oder Messer. Tantos, die für das Training verwendet werden, bestehen entweder aus Holz oder Kunststoff. Die Länge der Klinge beträgt normalerweise etwa 13 Zoll (33 Zentimeter). Techniken zum Messernehmen und Entwaffnen sind unter der Taijitsu-Schule zusammengefasst.
Das Aikido-Waffentraining weist die Praktizierenden an, den Schwung des Angreifers gegen sie einzusetzen. Dies führt zu langsameren Bewegungen mit offenen Händen. Daher dauert es im Allgemeinen länger, bis sich Aikido-Praktizierende wohl genug fühlen, um ihr Training in tatsächlichen Kampfszenarien anzuwenden. Andere, offensivere Kampfkünste sind möglicherweise besser geeignet, um schnell anwendbare Selbstverteidigungsfähigkeiten zu erlernen. Jujitsu ähnelt dem Aikido, das den Praktizierenden auch beibringt, die Bewegungen des Angreifers zu nutzen. Mit seiner langsamen und geduldigen Form eignet sich Aikido auch gut zur spirituellen Meditation und wird oft zu diesem Zweck praktiziert.