Das breite Genre des Mystery Writing hat eine Reihe von Subgenres, die einzigartige und unabhängige Merkmale aufweisen. Alle Mystery-Genres teilen zumindest das grundlegende Teilverständnis des Geschehens in der Geschichte, so dass die gesamte Geschichte im Laufe des Buches entdeckt werden muss. Einige Mystery-Genres können nach der Art des Problems unterteilt werden, andere nach der Umgebung und wieder andere nach den Personen, die das Problem lösen. Es gibt auch bestimmte Subgenres, die funktionieren, indem sie das Mystery-Genre mit einem anderen Genre wie Romantik kombinieren. Gelegentlich gibt es Bücher, die dem Genre trotzen, aber sobald sie populär und oft wiederholt werden, werden auch diese einst genrelosen Bücher zu ihren eigenen Genres.
Eine der besten Möglichkeiten, Mystery-Genres zu kategorisieren, ist die Art des Detektivs, der den Fall löst. Privatdetektivromane zum Beispiel sind ein beliebtes Mystery-Subgenre, ebenso wie Amateurdetektivromane. Manche gehen sogar so weit, das Geschlecht der Person, die das Verbrechen aufklärt, als Genreaspekt anzugeben. In gewisser Weise implizieren diese Kategorien natürlich Schauplätze, aber in einer Reihe von Romanen reist der Kriminallöser normalerweise herum, um neue Herausforderungen zu bieten.
Die Zeit und der Ort, an dem das Mysterium passiert, können auch als definitiv für ein Subgenre angesehen werden. Historische Kriminalromane zum Beispiel sind eines der beliebtesten Mystery-Genres. Gemütliche Mysterien, die eine sehr gut definierte Art von Roman sind, werden sowohl durch ihre weibliche Protagonistin als auch durch ihr kleinstädtisches Setting bestimmt. Mystery-Geschichten, die in der fernen Zukunft stattfinden, nehmen oft die Form von Science-Fiction-Mysterien an, obwohl die Science-Fiction-Elemente der Geschichte oft die Mystery-Elemente überschatten, wenn sie das Genre des Buches definieren.
Obwohl nicht alle Kriminalgeschichten ein Verbrechen in dem Sinne beinhalten, dass das Problem gegen das Gesetz verstößt, handelt es sich bei den meisten um ein Problem, das wie ein Verbrechen behandelt wird. Mordmysterien und Kapriolengeschichten werden zum Beispiel beide gemeinhin als Genres angesehen. In einigen Fällen verstößt die Straftat selbst möglicherweise nicht gegen das Gesetz, wie dies bei vielen Kinderkriminalität der Fall ist, bei der es um Straftaten auf Kinderebene geht. Ein geliehenes Spielzeug oder ein verlorener Hund können das Verbrechen in einem Kinderkrimi sein, aber Kinderdetektive in Romanen lösen ebenso häufig große Verbrechen, die lokale Justizbeamte verblüffen.
Schließlich werden viele Mystery-Genres nach dem Stil, in dem die Geschichte erzählt wird, unterteilt. Hartgesottene Detektivromane, die gemeinhin als Noir-Geschichten bezeichnet werden, werden ganz anders erzählt als historische Liebesmysterien. Verschiedene Kulturen haben auch unterschiedliche Konventionen für Mystery-Romane, wobei englische und japanische Mystery-Genres etwas unterschiedlich sind. In vielen Fällen durchquert eine Mystery-Geschichte viele Genres, und es müssen neue Begriffe erfunden werden, um mit Geschichten fertig zu werden, die dem Genre trotzen.