Elegir un motor de búsqueda de código abierto para un sitio web puede ser difícil, en parte porque, en el exterior, todos muestran resultados relevantes basados en un término de búsqueda, por lo que todos parecen similares. Tener un índice incremental, que puede indexar nuevos listados dinámicamente, evita que los administradores regeneren el índice completo. Las palabras vacías, especialmente para sitios web grandes, son herramientas poderosas para un motor de búsqueda de código abierto, ya que permiten a los usuarios limitar los resultados. Una función de búsqueda difusa significa que el motor de búsqueda puede encontrar resultados similares basados en la palabra clave, aunque los resultados no coincidan exactamente con la palabra clave. Los sistemas de clasificación determinan cómo se muestra cada listado y deben reflejar cómo funciona el sitio web principal.
Cuando se utiliza un motor de búsqueda de código abierto, se carga un índice con todos los diferentes listados y sitios web que se pueden buscar a través del motor de búsqueda. Si bien esta lista suele ser larga, normalmente se alargará a medida que se utilice el sitio web. Cuando el índice tiene que crecer, normalmente el administrador tiene que volver a generar el índice completo, además de agregar todos los sitios web y listados nuevos; esto requiere tiempo y muchos recursos. Con un índice incremental, los nuevos listados se agregan dinámicamente y no hay razón para regenerar el índice completo; el administrador solo tiene que agregar la nueva información.
Si alguien escribe un término de búsqueda en el motor de búsqueda de código abierto, normalmente obtiene resultados relevantes. Este no es siempre el caso, y los resultados pueden tener una tendencia hacia información irrelevante. Por ejemplo, si el usuario busca piratas, es posible que solo encuentre sitios web sobre películas de piratas y no información histórica sobre piratas. Una palabra de parada permite al usuario colocar una marca «-» antes de una palabra, lo que le dice al motor de búsqueda que bloquee los resultados que incluyan esa palabra clave.
Una función de búsqueda difusa suena mal, pero es una herramienta útil que emplean muchos programas de motores de búsqueda de código abierto. Sin esto, el motor de búsqueda solo puede buscar sitios web y listados que reflejen directamente la palabra clave. Una búsqueda difusa muestra resultados similares a la palabra clave, por lo que el usuario recibe resultados más amplios.
El sistema de clasificación del motor de búsqueda de código abierto es la forma en que el motor de búsqueda determina la relevancia. Algunos motores de búsqueda basan la relevancia en la cantidad de veces que se utilizó una palabra clave, cuando se creó la lista o el sitio web, la cantidad de enlaces que apuntan a un sitio web u otros valores arbitrarios. El administrador debe elegir un motor de búsqueda que refleje cómo funciona el sitio web. Por ejemplo, si el sitio web principal permite a los usuarios publicar listados, un motor de búsqueda basado en fechas suele funcionar mejor.