Los mejillones se pueden cocinar de muchas maneras diferentes, pero el método más común es cocinar al vapor, ya sea como un método único o para precocinarlos antes de usar otro método de cocción. Los moluscos bivalvos brillantes, negros y de forma ovalada se abren durante el proceso de vaporización. Además de al vapor, los mejillones a menudo se fríen, se asan y se hornean.
No importa qué método de cocción utilizará, siempre compre mejillones de una fuente confiable en un área no contaminada. Curiosamente, las personas con carne más en el lado blanco suelen ser hembras y los moluscos con carne que tiende a ser más de color naranja son a menudo machos. Ambos son básicamente iguales, en cuanto al sabor, siendo el jugo de ambos la parte más sabrosa. Los mejillones se deben enjuagar varias veces para eliminar la arena antes de humear y se debe quitar la protuberancia de la «barba».
Los mejillones al vapor se pueden hacer agregando los moluscos preparados a unas pocas tazas de líquido que hierven en una olla grande o en un horno holandés. Después de agregar los mejillones, deben cocinarse al vapor durante aproximadamente ocho minutos a fuego medio. Si es posible, deben girarse cuidadosamente después de cuatro o cinco minutos de cocción. Los mejillones nunca deben cocinarse demasiado, ya que pueden volverse difíciles. Una vez que las conchas se abren al vapor, están listas y no se debe usar ninguna con conchas sin abrir.
Los mejillones se pueden cubrir con migajas de pan fino y se fríen en sartén, o incluso se fríen. También se pueden hornear en el horno a media concha y espolvorear con aceite de oliva y hierbas. Los mejillones solo tardan unos cinco minutos en una parrilla al aire libre a fuego medio a alto. Son deliciosas en sopas, pero es mejor agregarlas casi al final del tiempo de cocción para evitar la cocción excesiva.
Estos moluscos pueden sustituirse por almejas en platos como el linguini con salsa de almejas, y algunas recetas requieren ambos. Las ensaladas al estilo mexicano a veces usan mejillones y añaden un aspecto distintivo al plato español de paella. La cocina del sudeste asiático a menudo usa coco y jengibre en los platos de mejillón. El clásico plato francés, moules mariniers, combina mantequilla, vino, cebolla, sal, pimienta y perejil con ellos. Se usa una baguette para absorber el jugo.
Se pueden usar muchos tipos diferentes de salsas para aderezar mejillones cocidos. Un roux francés puede servir como base de salsa al igual que la salsa teriyaki o la salsa de tomate. La pauta general que se usa comúnmente al comprarlos es permitir 1 libra (450 g) en la cáscara por persona para un plato principal y 0,5 libras (225 g) por persona para un plato o aperitivo.