Dakota del Sur puede ser una rareza entre los estados estadounidenses por tener aparentemente tres banderas estatales oficiales de diferentes diseños al mismo tiempo. El primer diseño de la bandera del estado de Dakota del Sur finalmente resultó demasiado costoso de mantener. Fue reemplazado por un diseño similar pero menos costoso en 1963. Una ley de 1992 cambió el apodo de Dakota del Sur de «El estado del sol» a «El estado de Mount Rushmore». La legislación para los cambios de 1963 y 1992 contenía una disposición de que cualquier bandera anterior hecha de conformidad con la ley de Dakota del Sur debía seguir siendo una bandera oficial del estado.
Cada versión de la bandera del estado de Dakota del Sur incorporó el sello del estado de Dakota del Sur en su diseño. Lo que se convirtió en el sello estatal se diseñó antes de la admisión de Dakota del Sur en la Unión como el estado número 40 de los EE. UU. En 1889. El diseño original de la bandera estatal de Dakota del Sur se adoptó en 1909. El diseño fue creado por Ida Anding McNeil, bibliotecaria legislativa de Dakota del Sur . La bandera tenía dos caras, con un sol abrasador en un lado y el Gran Sello de Dakota del Sur en el otro.
En la bandera de 1909, un sol dorado está centrado sobre un fondo azul. Sobre el sol, en el arco de su círculo, están inscritas en letras doradas «Dakota del Sur». Debajo del sol, igualmente en el arco de su círculo, «El estado del sol» está escrito en letras doradas. En el reverso del sol, el sello del estado está impreso en un campo de color azul oscuro.
El sello estatal consiste en un círculo en el que se muestran varios símbolos de Dakota del Sur. Dividiendo el círculo del sello hay un río por el que viaja un vapor. A la derecha del río, un granjero está arando una hilera para plantar, y más allá del granjero, el ganado pasta en un campo. Al otro lado del río hay una fundición y montañas cubiertas de nieve se vislumbran en la distancia. En la parte superior del círculo en una pancarta está el lema del estado: «Bajo Dios el pueblo gobierna».
La bandera de 1909 siguió siendo la bandera del estado de Dakota del Sur hasta 1963. Aunque todavía era un diseño popular, en ese momento los legisladores determinaron que una bandera con un emblema en cada lado era demasiado cara de hacer. Señalaron el hecho de que existían pocas banderas estatales y rara vez se las veía enarboladas. La legislación de 1963 colocó el sello estatal en el centro de un sol dentado, combinando así ambos símbolos en un lado de la bandera. La nueva ley dejó intacto el estado de la bandera de 1909 como bandera oficial del estado.
En 1992, la legislatura volvió a cambiar la bandera del estado de Dakota del Sur. Reemplazó la frase «The Sunshine State» debajo del sello estatal por «The Mount Rushmore State». En esta legislación, la bandera de 1963 sigue siendo una bandera oficial. Sin embargo, en la actualidad, el único apodo estatal oficial para Dakota del Sur es «El estado de Mount Rushmore».