Hay muchas especies endémicas de Indonesia, un punto caliente de biodiversidad tropical. Indonesia es una vasta región y país al norte de Australia y al sureste del sudeste asiático. Se compone de 17.508 islas dispuestas en archipiélagos, la más grande es Nueva Guinea, Borneo, Sumatra, Sulawesi, Flores y Timor. Nueva Guinea, Borneo y Sumatra son las islas segunda, tercera y sexta más grandes del mundo, respectivamente, que abarcan colectivamente más de 800,000 millas cuadradas. El aislamiento de las numerosas islas de Indonesia contribuye a su biodiversidad, con diferentes especies que se diversifican en cada isla y están aisladas de los depredadores continentales.
Hay dos zonas zoogeográficas principales en Indonesia: Sundaland en el oeste y Wallacea en el este. Estos están divididos por la Línea Wallace, una línea imaginaria que se extiende entre Borneo y Sulawesi. Al oeste de la línea se encuentran principalmente especies relacionadas con Asia, al este, especies australianas. En total, aproximadamente la mitad de Indonesia está deshabitada, ocupada principalmente por la selva tropical.
En Sundaland, hay 381 especies de mamíferos nativos, de los cuales 173 son endémicos. Durante las épocas de hielo pasadas, el nivel del mar en el área era lo suficientemente bajo como para que los animales pudieran viajar desde el continente asiático a las islas. Por lo tanto, el tigre, el rinoceronte, el elefante y el leopardo se pueden encontrar aquí. Las especies más famosas endémicas de Indonesia, el orangután, se pueden encontrar en Borneo y Sumatra, donde forman dos especies separadas. Estos grandes simios naranjas son usuarios de herramientas altamente inteligentes, pero están en peligro por la actividad humana y la destrucción del hábitat. El hermoso tigre de Sumatra, la especie de tigre más pequeña, se puede encontrar en zonas de iones sobre la isla, donde solo hay 500 individuos.
Otras dos especies endémicas de Indonesia son el rinoceronte de Sumatra y Javan, dos de las especies de mamíferos grandes más raras y en peligro de extinción del mundo. Durante mucho tiempo han sido cazados por sus cuernos, que tienen valor en la medicina china. Solo hay unos 300 rinocerontes de Sumatra y solo 60 rinocerontes de Java. Se necesitará un esfuerzo considerable de conservación para asegurar que estas especies recuperen sus poblaciones. El proceso podría llevar siglos.
Otras especies endémicas de Indonesia se encuentran en Wallacea, la región al este de la línea Wallace. Wallacea tiene 126 especies endémicas, incluidas siete especies de mono macaco, cinco especies de tarsero, el anoa, un subgénero raro de búfalo y la babirusa, un animal parecido a un cerdo con dos juegos de cuernos curvos. En la isla de Nueva Guinea se encuentran especies endémicas de Indonesia, como el extraño canguro de árbol de Goodfellow, numerosas especies de roedores, algunos de un pie de largo, el hermoso cálao de Papúa y el famoso dragón de Komodo, el lagarto vivo más grande. Como los únicos mamíferos placentarios nativos son los murciélagos y los ratones, otras especies, como el Dragón de Komodo, han adoptado los nichos que de otro modo habrían sido adoptados por los placentarios grandes.