Han existido muchos animales excavadores, incluidos numerosos mamíferos, insectos, anfibios, reptiles (incluidos pequeños dinosaurios), crustáceos, gusanos e incluso algunos peces y aves. El comienzo de la era moderna de la vida, el fanerozoico, se define por la aparición de madrigueras complejas en el registro fósil hace 542 millones de años. Estos animales de madriguera rompieron el suelo oceánico anóxico previamente empacado, lo que permitió una diversidad biológica mucho mayor, así como la competencia entre especies. Se cree que la madriguera ha evolucionado como una defensa contra la depredación. Muchas carreras armamentistas ecológicas entre depredadores y presas pueden caracterizarse como animales de madriguera versus depredadores que intentan sacar a los animales de sus madrigueras.
Los animales de madriguera más famosos son los mamíferos, incluidos los conejos, las ardillas, los topos, las topos y las marmotas. La madriguera de una sola marmota ocupa 1 metro cúbico, mientras que las madrigueras complejas de conejos pueden ocupar cientos de metros cúbicos. Algunos animales, como el lunar marsupial, se han adaptado tan extensamente a las madrigueras que han perdido los ojos y cazan a las presas utilizando solo sus sentidos del olfato y el tacto. En Australia, los conejos excavadores se introdujeron a fines del siglo XVIII y desde entonces se han reproducido para estar fuera de control, destruyendo grandes extensiones de arbustos y llevando a la extinción de muchas otras especies.
Aunque estamos más familiarizados con los animales excavadores de mamíferos, los excavadores no mamíferos también son comunes, especialmente en el mar. Los filamentos de animales enteros, como los fórónidos y los dragones de lodo, pasan su vida en madrigueras construidas por ellos mismos, y viven enteramente usando pequeños cilios que se extienden hacia el agua. Algunos animales marinos pueden secretar químicos especiales que les permiten excavar directamente en rocas duras, aunque a un ritmo lento. Algunos de los excavadores más prolíficos en el mar son los gusanos poliquetos, anélidos acuáticos que son expertos recolectores de fondos. Estas madrigueras les ayudan a escapar de las fauces de los peces depredadores que viven en el fondo.
Algunas excavadoras que evolucionaron a partir de animales de superficie han desarrollado adaptaciones muy inusuales a la vida oscura y subterránea. Un animal, el lunar de nariz estrellada, tiene un órgano sensorial compuesto por tentáculos nasales increíblemente sensibles llamados órganos de Eimer. Estos son utilizados por el topo para detectar presas muy pequeñas. El lunar de nariz estrellada también es conocido como el devorador más rápido de la naturaleza, con tan solo 120 milisegundos (más rápido de lo que puede seguir el ojo humano) para identificar y consumir presas.