Hay alrededor de 75,000 especies de hongos identificadas científicamente, y los científicos creen que puede haber hasta un millón de especies de hongos aún sin identificar. Como diferentes especies pueden parecer iguales superficialmente, clasificarlas con precisión es difícil y, por lo general, requiere la aplicación de herramientas moleculares como la secuenciación del ADN. Dado que la secuenciación del ADN sigue siendo relativamente cara, incluso para los hongos con genomas mucho más cortos que los de los mamíferos, es probable que pasen muchas décadas antes de que la mayoría se clasifique con certeza.
Los tipos comunes incluyen mohos, que crecen en hebras llamadas hifas, hongos, cuerpos fructíferos de colonias de hongos y levaduras, el nombre de cualquier hongo unicelular. Sin embargo, estos son términos amplios y los mohos, levaduras y hongos se pueden encontrar en varias categorías taxonómicas. La clasificación de los hongos a nivel de phyla es complicada y se modifica constantemente. Los hongos primero se clasificaron erróneamente como plantas, pero las investigaciones posteriores encontraron que en realidad tienen más en común con los animales. Como las plantas y los animales, son eucariotas.
Filogenéticamente, hay siete filos de hongos. La primera es la Chytridiomycota, o quitridios, la forma más primitiva, con unas 1,000 especies identificadas. Estos producen esporas con flagelos (zoosporas) y van tras los anfibios, el maíz, la alfalfa, las patatas y otros organismos vulnerables. Estos son los más representativos de los tipos que vivieron a lo largo de la era Paleozoica, siendo principalmente acuáticos.
Blastocladiomycota es la segunda phlya, creada solo como una categoría distinta en 2007. Al igual que los quítridos, utilizan zoosporas para reproducirse y son parásitos de todos los principales grupos eucariotas. El tercer phyla, Neocallimastigomycota, son hongos anaeróbicos que ocupan principalmente el estómago de los rumiantes. Su nombre contiene el sufijo griego que se refiere a los látigos, -mastix, por sus numerosos flagelos. El segundo y tercer phyla fueron inicialmente clasificados erróneamente como quitridios.
El cuarto phyla es el Zygomycota más familiar, llamado así por las resistentes esporas esféricas que producen. Si ve un hongo con pequeños puntos en las puntas de las hifas (filamentos), eso es Zygomycota. Hay más de 600 especies de este género, e incluye el moho del pan negro, uno de los más avistados por humanos. Otro es Pilobolus, que es capaz de expulsar esporas a varios metros del aire.
El quinto phyla es el Glomeromycota, conocido como hongos micorrizas arbusculares (AM). Básicamente, ese término significa «hongos de los árboles». Se pueden encontrar en gran número en las raíces de más del 80% de las familias de plantas vasculares. Esta relación es simbiótica y antigua, se remonta al menos a 460 millones de años, hasta el comienzo de la vida vegetal en la tierra.
El sexto phyla son los Ascomycota, conocidos como hongos del saco. Estos forman sacos esféricos distintos para contener sus esporas y contienen la mayoría de las especies de todos los filos. Los ejemplos incluyen Penicillium, colmenillas, trufas, levadura de panadería, líquenes, mildiú polvoriento y muchos otros. Muchos de estos filos son patógenos de plantas.
El séptimo phyla es el Basidiomycota, o el hongo club. Este grupo contiene los hongos más comunes. Se distingue por la presencia de una estructura productora de esporas llamada basidio, más comúnmente conocida como tapa. Junto con Ascomycota, se les conoce como Hongos Superiores.