La idea de una piedra filosofal es común en la mitología europea. JK Rowling tomó prestada la idea de una piedra creada alquímicamente con propiedades mágicas para su popular serie de Harry Potter. En los libros de Harry Potter, solo hay una piedra filosofal, creada por Nicolas Flamel en el siglo XV. La piedra de Flamel es capaz de transformar objetos en oro y producir un Elixir de Vida que otorga al bebedor la inmortalidad.
El objeto mágico apareció por primera vez en Harry Potter y la piedra filosofal, que se lanzó bajo el título Harry Potter y la piedra filosofal en los Estados Unidos. Scholastic, el editor estadounidense de los libros de Harry Potter, creía que los lectores estadounidenses no se sentirían tan atraídos por un libro sobre una «piedra filosofal». Esta elección ha sido criticada, junto con la americanización de los libros de Harry Potter lanzados en los Estados Unidos: se hicieron pequeños cambios en el idioma que usaban los personajes por temor a que los estadounidenses no lo entendieran.
La piedra filosofal es un elemento crucial del libro. Nicolas Flamel es amigo de Albus Dumbledore, director del Colegio Hogwarts de Magia y Hechicería. Los dos han trabajado juntos en proyectos de alquimia, presumiblemente trabajando con la propia Piedra Filosofal para explorar sus propiedades. Flamel también recurre a Dumbledore para mantener la piedra a salvo, y en la primera parte del libro, se traslada del Refugio 713 en Gringotts a Hogwarts, donde se presume que es más seguro.
Cooperando con varios instructores de la escuela, Dumbledore pone una serie de obstáculos en el camino de la Piedra Filosofal para protegerla. La serie de protecciones encantadas está diseñada para impedir que Voldemort obtenga la Piedra Filosofal, ya que a Dumbledore le preocupa que Voldemort se levante de nuevo. En última instancia, Voldemort puede penetrar todas las protecciones excepto la última: Dumbledore oculta hábilmente la piedra dentro del Espejo de Erised de tal manera que solo alguien que quiera encontrar la Piedra Filosofal pero no usarla puede obtenerla.
En una lección sobre objetivos y motivos, Harry lo entiende porque se mira en el espejo sin intención de usarlo, y también se resiste con éxito a un intento de Voldemort de tomar la Piedra Filosofal por la fuerza. Después de esta escena culminante, la Piedra Filosofal es destruida para evitar que Voldemort la obtenga, y Nicolas Flamel y su esposa se preparan para su muerte. Harry está inicialmente preocupado por los dos, pero Dumbledore señala que Flamel ha estado vivo durante más de seiscientos años y probablemente esté listo para perseguir «la próxima gran aventura» de la muerte.