La ecología de los humedales incluye el estudio de cualquier área de tierra que esté parcial o completamente sumergida bajo el agua de manera permanente o por un período de tiempo considerable cada año. Existen muchos tipos de humedales, desde pantanos hasta humedales costeros. Cada ambiente contiene una mezcla única de plantas y animales.
El estudio de los pantanos es una gran rama de la ecología de los humedales. Los pantanos se definen en gran medida por la presencia de árboles sumergidos pero aún vivos. Estas áreas generalmente existen en llanuras inundables cerca de ríos y pueden llegar a ser bastante grandes. El sistema de pantanos Al-Sudd en el sur de Sudán, por ejemplo, cubre más de 30,000 kilómetros cuadrados (18,641 millas cuadradas). En los Estados Unidos, el Big Cypress Swamp, que es adjunto a los Everglades de Florida, contiene 2.400 millas cuadradas (3.862 kilómetros cuadrados) de ecología de humedales.
Los pantanos tienen una gran cantidad de biodiversidad. Los reptiles grandes, como los caimanes y los cocodrilos, parecen particularmente cómodos en estas áreas. La vida de los insectos es abundante y proporciona alimento para numerosas especies de peces y aves. Las piscinas estancadas dentro de estos ecosistemas albergan una variedad de plantas y hongos acuáticos.
Las marismas a menudo bordean los pantanos, pero también se pueden formar de forma independiente. Estas áreas pueden estar compuestas de agua dulce o una combinación de agua dulce y salada. En general, las aguas de los pantanos están más estancadas que los pantanos, y hay pocos o ningún árbol.
Las áreas de marismas que bordean el océano a menudo contienen una mezcla de agua dulce y agua salada. Las marismas salobres y las marismas tienen el mayor contenido de sal y, a menudo, la menor variedad de vida silvestre. Los pastos resistentes a la sal, como el pasto de ostras y el pasto de alambre, prosperan en estos ecosistemas. Cangrejos, ostras y peces arrastrados por las mareas atraen a innumerables aves.
Las marismas de agua dulce y las marismas intermedias tienen un contenido de agua salada leve o nulo. Como resultado, la vida vegetal y animal es abundante y diversa. Los mamíferos, particularmente los roedores, abundan en estas áreas. Las aves acuáticas, como los patos y los gansos, son omnipresentes, al igual que los pequeños reptiles como las ranas y las tortugas. La ecología de los humedales en las marismas también comprende muchas de las mismas especies de peces y aves que están presentes en las vías fluviales locales.
La ecología de los humedales también, en menor medida, incluye el estudio de hábitats de pantanos. Al igual que los pantanos, estos humedales a menudo son boscosos. El agua del pantano, sin embargo, es extremadamente ácida y generalmente está bastante estancada. Esta combinación a menudo produce turba cuando hay grandes cantidades de musgo o liquen muertos.
La vida animal dentro de los pantanos está limitada por la acidez del agua. Sin embargo, las especies que están presentes a menudo están muy adaptadas a las condiciones del entorno de los pantanos. Como resultado, estas plantas y animales rara vez se encuentran en otras áreas.