En 1620, cuando los peregrinos llegaron a Nueva Inglaterra, la tribu Pequot se encontraba cerca del río Támesis en Connecticut. Los Pequot estaban bajo el liderazgo de un sachem, o jefe principal llamado Sassacus. Hubo una rebelión en la tribu liderada por un subjefe llamado Uncas sobre cómo responder al asentamiento europeo. Uncas rompió con los Piquet y llevó a sus seguidores a otra aldea donde fundó la tribu nativa americana Mohegan. Uncas formó una alianza con los colonos blancos, y después de la derrota de los Pequot en la Guerra de Pequot de 1637, se convirtió en jefe tanto de los Mohegan como de los Pequot restantes.
Como otros nativos del norte, la tribu Mohegan vivía junto al agua en wigwams y casas comunales construidas con postes cubiertos con corteza. Cazaban, pescaban, cultivaban y viajaban en canoas de corteza de abedul. Siguieron siendo aliados de los ingleses contra los franceses y lograron mantener su tierra y autonomía por más tiempo que muchos de sus vecinos, pero finalmente gran parte de su tierra fue tomada por colonos blancos.
En el siglo XVIII, muchos miembros de Mohegan se convirtieron al cristianismo. Samson Occum fue uno de los primeros indios en convertirse en ministro cristiano ordenado. Comenzó una escuela cristiana india y pasó algún tiempo en Inglaterra recaudando dinero del Rey y otros patrocinadores para apoyar a la organización. Regresó a las colonias solo para descubrir que su escuela había sido tomada y trasladada a New Hampshire, donde finalmente se convirtió en Dartmouth College.
En 1827, el gobierno federal exigió la reubicación de todas las tribus incivilizadas y no cristianas a los territorios occidentales. Un legado que Samson Occum dejó a su pueblo fue la reputación de ser una tribu cristiana. Para reforzar esto, tres mujeres tribales establecieron la Iglesia Mohegan y la Tribu Mohegan fue eximida del reasentamiento forzoso.
La tribu Mohegan recibió el reconocimiento federal como nación independiente en 1994 y finalmente resolvió sus reclamos de tierras con Connecticut. La nación tiene una constitución y está gobernada por un Consejo Tribal de nueve miembros elegidos democráticamente y un Consejo de Ancianos de siete miembros. El Consejo Tribal supervisa los asuntos judiciales y culturales y tiene autoridad legislativa sobre la afiliación e inscripción tribales. El Consejo de Ancianos tiene poder ejecutivo y legislativo en las áreas especificadas en la constitución. La Tribu tiene dos tribunales: el Tribunal de Disputas de Juegos de Mohegan, que atiende los casos relacionados con el juego, y el Tribunal Tribal de Mohegan, que atiende todos los problemas que no están relacionados con los juegos de azar.
El largo legado de servicio y participación comunitaria sigue siendo muy activo en la tribu Mohegan. Tienen un gran complejo de juegos, spa y área de comedor y venta al por menor llamada Mohegan Sun, que proporciona trabajo a muchos miembros tribales. La tribu utiliza los ingresos obtenidos para mantener su propia vivienda y otras necesidades. Cada año, la tribu devuelve las tres cuartas partes de su asignación monetaria federal para ser redistribuidas a otras naciones indias que tienen una mayor necesidad.
Además, la tribu Mohegan y la tribu Pequot, propietaria de los dos casinos indios en el estado, acordaron voluntariamente dar el 25% de sus ganancias de tragamonedas al estado de Connecticut en lugar del impuesto corporativo de juego del 8%. Como resultado, las tribus pagan el doble de lo que serían sus impuestos corporativos y son la mayor fuente de ingresos para el estado junto al gobierno federal. La tribu Mohegan cree que tiene la obligación de cuidar de los suyos y ha realizado numerosas donaciones y subvenciones a escuelas, hospitales y otros servicios comunitarios.