Un órgano barroco es un órgano de tubos construido en un estilo particular y con ciertas especificaciones durante la era barroca. Este período duró desde aproximadamente 1685 hasta 1750. Hubo muchas innovaciones en arte, música y arquitectura durante este tiempo, y el diseño del órgano de tubos cambió drásticamente, aumentando su tamaño, potencia y rango musical. Compositores barrocos conocidos, como Johann Sebastian Bach en Alemania, colaboraron con maestros constructores de órganos para producir lo que se consideran algunos de los mejores órganos jamás creados.
La música barroca era muy adornada y ricamente texturizada. Asociado con mayor frecuencia a la música religiosa, el órgano barroco era mucho más poderoso que sus predecesores del Renacimiento. A menudo se usaba como instrumento solista, o como parte de un «concierto grosso», dos o más instrumentos solistas acompañados por una orquesta. La Pasión de San Mateo de Bach, usando dos órganos en la composición, fue escrita en 1727 y es considerada una de las obras maestras de la música sagrada occidental.
Como se desarrolló durante el período barroco, el órgano llegó a ser un «pleno» u órgano completo. Un órgano de tubos italiano de tamaño completo, por ejemplo, podría tener hasta 600 tubos y contener más de 2000 partes. Algunos de los órganos más grandes creados durante el período tienen miles de tubos y hasta siete manuales, o teclados, conectados a los tubos de órganos. En el diseño exterior, los órganos tienden a parecerse a las catedrales barrocas en las que a menudo se usaban. Un órgano de tubos de la época tenía la intención de ser una obra de arte y un instrumento.
Junto con su aumento de tamaño, el órgano barroco experimentó muchas innovaciones técnicas. Colaboraciones como esa entre Bach y el maestro constructor de órganos Gottfried Silbermann ayudaron a lograr algunos de los cambios. Silbermann construyó órganos para su uso en toda Europa.
Un cambio significativo fue un aumento en el número y el diseño de paradas de órganos y la disposición de manuales y tubos. El órgano «se detiene» deja entrar el aire presurizado a las tuberías y el organista puede encenderlo o apagarlo. Se comenzaron a diseñar paradas que pudieran imitar los sonidos de otros instrumentos. También aumentaron en número, permitiendo una gran variedad de sonidos.
Los teclados separados para los pies, compuestos de pedales, se ampliaron para permitir una mayor regulación de los sonidos. Las tuberías se organizaron en bastidores. Cada estante correspondía a un tono, madera y volumen diferentes.
Muchas de las innovaciones del diseño del órgano barroco todavía se utilizan en la actualidad. Los órganos que sobrevivieron durante el período se consideran obras de arte y muchos se exhiben en museos. Algunos de los diseños han sido recreados para uso moderno.