En biologie, un domaine est la classification la plus élevée possible des organismes. Selon le système moderne, appelé système à trois domaines, créé par Carl Woese en 1990, il en existe trois : les eucaryotes (eucaryotes), les archées et les bactéries. Les systèmes plus anciens comprennent le système à deux empires, Prokaryota et Eukaryota, et le système à six royaumes, répertoriant Protista, Archaebacteria, Eubacteria, Fungi, Plantae et Animalia. Sur la base d’analyses génétiques et d’arguments prudents, la plupart des scientifiques ont convenu que le système actuel classe le mieux la diversité de la vie.
Le système de Woese a été salué pour avoir mis l’accent sur la diversité microbienne et reconnu les différences fondamentales entre les archées et les bactéries, suffisamment pour justifier de les placer dans différents domaines. On dit que le système à deux empires ignore ces différences, tandis que le système à six royaumes met l’accent sur la distinction des champignons, des plantes et des animaux, qui sont tous des eucaryotes, constitués de cellules complexes avec des organites et des noyaux. Tous les animaux multicellulaires sont des eucaryotes.
La division la plus fondamentale dans toute vie est celle entre les procaryotes, ou cellules simples, et les eucaryotes, ou cellules complexes. Les différences dans les gènes de l’ARNr 16S parmi les procaryotes les ont conduits à être divisés en groupes d’archées et de bactéries, tandis que d’autres contrastes génétiques font clairement la différence entre ces groupes et les eucaryotes.
Actuellement, on ne sait pas quel domaine est la plus ancienne lignée d’organismes au monde, bien que des preuves récentes indiquent des archées. En termes de biomasse, les bactéries sont les plus nombreuses, probablement suivies des archées, puis des eucaryotes. Si les bactéries et les archées disparaissaient, les eucaryotes disparaîtraient probablement, car la plupart des eucaryotes dépendent intimement de ces autres organismes pour la nourriture ou les interactions symbiotiques, telles que la fixation de l’azote. Chez l’homme, les bactéries symbiotiques de l’estomac sont nécessaires pour décomposer les glucides complexes.
Archaea est le groupe le plus récent à être reconnu, identifié comme distinct en 1977. À l’origine, ces organismes ont été trouvés dans des environnements extrêmes, tels que les sources chaudes du parc de Yellowstone, mais ont depuis été trouvés pratiquement partout. Les archées comprennent certains des extrémophiles les plus impressionnants, c’est-à-dire des organismes qui se développent dans des conditions extrêmes de température, d’acidité, de pression, de concentration de sucre, de manque d’oxygène ou d’autres variables.