Le système à trois domaines est une méthode de classification de la vie cellulaire qui a été initialement proposée par Carl Woese en 1990. Alors que le système à trois domaines a rencontré une certaine opposition initiale, il est depuis devenu largement accepté, grâce aux découvertes scientifiques qui ont soutenu la proposition de Woese. . Dans le système à trois domaines, toute la vie cellulaire peut être divisée en trois domaines : archées, bactéries et eucaryotes, et chaque domaine peut être divisé en royaumes, phylums, classes, etc.
Ce système de classification distingue les organismes eucaryotes, les organismes qui ont des cellules qui comprennent un noyau, et deux types d’organismes procaryotes, les organismes dont les cellules sont dépourvues de noyau. Initialement, les archées et les bactéries étaient toutes deux regroupées en tant que procaryotes, bien que chaque groupe ait son propre royaume. Woese a fait valoir que les archées et les bactéries étaient si distinctes qu’elles appartenaient en fait à des domaines séparés, et pas seulement à des royaumes séparés.
Les différences entre les archées et les bactéries sont principalement liées à une génétique complexe. Lorsque Woese a publié sa proposition pour la première fois, la recherche génétique a semblé suggérer que les deux royaumes descendaient d’un ancêtre commun et qu’ils étaient suffisamment similaires pour ne pas nécessiter de domaines séparés. En conséquence, le système à trois domaines a d’abord été considéré avec scepticisme.
Cependant, d’autres recherches ont indiqué que Woese avait en fait raison et que ces organismes étaient si génétiquement distincts qu’ils avaient besoin de leurs propres domaines. Les archées et les bactéries sont toutes deux procaryotes, mais leurs structures cellulaires sont nettement différentes et elles ont un ARN ribosomique très distinct, ce qui indique que ces domaines ont divergé il y a très longtemps et sont en grande partie sans rapport. Le système à trois domaines pour classer les organismes semble être plus précis que les systèmes précédents maintenant que des preuves à l’appui ont été découvertes.
Au sein d’Archaea, il n’y a qu’un seul royaume, également appelé Archaea. Le domaine Bactéries n’héberge également qu’un seul royaume, appelé Bactéries. Les eucaryotes peuvent être divisés en quatre règnes : les animaux, les plantes, les champignons et les protistes. Dans chaque domaine, il existe une grande diversité de vie, allant des archées extrêmophiles qui prospèrent dans des environnements qui tueraient la plupart des autres formes de vie sur Terre aux fragiles orchidées tropicales du règne végétal.
Ce système est particulièrement important pour les personnes qui étudient les organismes procaryotes, car le système à trois domaines souligne la différence entre les bactéries et les archées. Les chercheurs se spécialisent généralement dans l’un ou l’autre, en utilisant la recherche génétique pour en savoir plus sur les organismes qu’ils étudient. Certaines personnes utilisent encore le système des deux empires, qui divise la vie cellulaire en Prokaryota et Eukaryota, puis en royaumes respectifs, mais cela devient de plus en plus rare.