Un navigateur de génome est une interface Web utilisée pour afficher la carte physique d’un chromosome. Cette carte montre la quantité d’ADN qui sépare deux gènes, mesurée en paires de bases. La taille des chromosomes humains varie de 50 millions à plus de 250 millions de paires de bases. Un navigateur de génome affiche des représentations schématiques de chromosomes entiers ainsi que des schémas « agrandis » de gènes uniques et même la séquence réelle de paires de bases.
Un navigateur de génome permet à l’utilisateur de faire défiler un chromosome et de zoomer sur certains emplacements. De nombreux navigateurs génomiques permettent à l’utilisateur de zoomer au niveau de la visualisation de la séquence d’ADN réelle, bien que la véritable utilité d’un navigateur réside dans la possibilité de visualiser les gènes dans leur contexte plus large, plutôt que de visualiser la séquence d’ADN au niveau des nucléotides. La taille moyenne d’un gène est de 3,000 2.4 paires de bases, donc lorsqu’on zoome au niveau de la paire de bases, l’utilisateur verra moins qu’un gène entier. Le plus grand gène humain, la dystrophine, a une longueur de XNUMX millions de paires de bases.
En plus d’afficher des représentations schématiques des gènes, les navigateurs génomiques peuvent également afficher d’autres informations utiles. Cela peut inclure la partie du gène qui est traduite en protéine, appelée ARNm, et des séquences d’ADN qui ont des fonctions autres que le codage pour la protéine. Le navigateur du génome peut également montrer quels segments d’ADN ont été utilisés dans le processus de séquençage du génome.
Un grand nombre d’organismes ont des génomes séquencés. Il n’y a pas de navigateur unique standard dans le domaine de la génomique, de sorte que les navigateurs génomiques peuvent varier entre les génomes séquencés. Les navigateurs génomiques ont pour fonction de pouvoir rechercher des gènes ou des séquences d’intérêt, permettant à l’utilisateur de passer d’un emplacement génomique à un autre. Il ne serait pas efficace de faire défiler un chromosome pour atteindre un emplacement d’intérêt, en raison de la très grande taille de la plupart des chromosomes.
Certains navigateurs génomiques ont des outils appelés trieurs de gènes. Cet outil affiche un tableau des gènes qui sont liés les uns aux autres. La relation peut être de plusieurs types : homologie de séquence, profil d’expression similaire ou proximité génomique. L’utilisateur recherche un gène à l’aide d’un mot ou d’une phrase, sélectionne le type de relation qu’il souhaite et le trieur de gènes affiche les résultats de la recherche.