As plantas cultivadas organicamente são aquelas produzidas sem o uso de produtos feitos pelo homem; normalmente fertilizantes, pesticidas e herbicidas. Em vez disso, tudo o que é aplicado a essas safras deve ocorrer naturalmente, o que geralmente significa que é necessário mais trabalho para produzir essas safras, mas o produtor garante que elas não foram tocadas por produtos químicos feitos pelo homem. A alfafa orgânica é uma dessas culturas e pode ser cultivada como ração para o gado, usada na produção de alimentos ou transformada em suplementos alimentares para humanos.
Ao produzir safras orgânicas, as ervas daninhas podem se tornar um problema sério se não forem controladas de forma adequada. Um método para minimizar o crescimento de ervas daninhas é manter o campo plantado continuamente com alfafa orgânica ou uma cultura de cobertura, como grama de aveia. Este método mantém a área coberta com uma planta desejável que geralmente vem espessa e cresce rápido, sufocando a maioria das ervas daninhas antes que elas possam começar. Pouco antes da hora de plantar a alfafa, a grama da aveia é arada e deixada apodrecer para que também sirva como fertilizante, ou o que é comumente chamado de adubo verde, e forneça nutrientes para a nova safra.
A alfafa orgânica também é comumente fertilizada com esterco velho de estábulos de cavalos ou gado, ou composto orgânico envelhecido que pode incluir aparas de grama podre e resíduos de cozinha, bem como outros materiais vegetais. É importante que tudo o que é adicionado ao composto seja orgânico, pois contaminantes químicos em qualquer estágio do processo podem significar que a alfafa resultante não é mais verdadeiramente orgânica. A maioria dos produtores de safras orgânicas são meticulosos com essas coisas e fazem de tudo para evitar qualquer possibilidade de materiais não orgânicos entrarem em contato com suas safras.
Uma vez que os pesticidas químicos são definitivamente feitos pelo homem, os cultivadores de alfafa orgânica devem encontrar outras maneiras de lidar com as pragas que são atraídas para os campos. Um método muito popular é o uso de controles naturais, especificamente insetos predadores que se alimentam desses insetos que, de outra forma, poderiam destruir a plantação de alfafa orgânica. Joaninhas, certas vespas, insetos piratas e louva-a-deus são usados para controlar várias pragas sem a necessidade de recorrer à aplicação de produtos químicos que podem ser perigosos.
Apesar do custo mais alto da alfafa orgânica, em parte porque é mais cara de produzir, muitas pessoas acham que vale a pena o custo extra para evitar os problemas de saúde que acompanham tantos dos produtos feitos pelo homem de uso comum. Quando a alfafa é usada como ração animal, não há chance de pesticidas prejudiciais ou outros produtos químicos se acumularem na carne ou no leite de animais produtores de alimentos. Em alguns casos, a alfafa orgânica é usada para fazer um suplemento nutricional para humanos, e a maioria das pessoas que optam por usar esses suplementos parecem preferir que o produto não seja feito de alfafa que foi exposta a produtos químicos potencialmente perigosos.