Células do sistema imunológico, como células T e células B, têm proteínas em sua superfície que lhes permitem reconhecer invasores estranhos e atacá-los. As áreas nessas proteínas podem variar de célula para célula, permitindo que reajam a uma variedade de ameaças. Ocasionalmente, células T e células B são produzidas e reagem a proteínas que são expressas pelas próprias células do corpo, chamadas de autoantígenos. A deleção clonal é um processo que permite que essas células sejam neutralizadas antes de serem liberadas no corpo, onde podem começar a atacar o tecido saudável.
As células T são produzidas na medula óssea, mas amadurecem no timo, uma glândula próxima ao coração, e as células B são produzidas na medula óssea. Apesar de seus diferentes locais de origem, ambos os tipos de células usam um método semelhante de deleção clonal para garantir que as células imunes maduras que reagem aos autoantígenos não sejam liberadas na corrente sanguínea. Durante o processo de maturação, essas células entram em contato com uma gama limitada de células, como macrófagos e células dendríticas tímicas. Essas células têm uma variedade de proteínas de superfície, chamadas antígenos, que apresentam às células do sistema imunológico, para que as células que produzem uma reação possam ser eliminadas.
Para usar o timo como exemplo, as células dendríticas do timo usam um processo de apresentação, permitindo que as células T tentem se ligar a proteínas de superfície, para selecioná-las quanto à deleção clonal. As células T imaturas que reagem a esses autoantígenos formam um complexo protéico com a célula tímica. No caso de este complexo de proteínas se formar, ele dispara uma sequência de autodestruição, chamada apoptose, na célula T, de modo que não amadurece e entra no corpo, onde poderia potencialmente lançar uma resposta prejudicial se encontrasse outra célula com essa proteína.
O corpo contém muitos outros tipos de células além das observadas no timo e na medula óssea, portanto, a deleção clonal deve ser responsável por autoantígenos normalmente não encontrados nesses tecidos. O timo faz isso por ter células dendríticas do timo que contêm proteínas de superfície geralmente encontradas em outros lugares, como no tecido pancreático. A deleção clonal pode então ocorrer com células imunes que normalmente reagiriam a essas proteínas pancreáticas, e um processo semelhante regula as células B que amadurecem na medula. Alguns estados de doença, como diabetes, podem ser parcialmente causados por uma falha do corpo em apresentar toda a gama de antígenos do corpo às células do sistema imunológico em maturação, permitindo que essas células amadureçam e ataquem o tecido saudável.