Nas décadas de 1980 e 1990, um novo gênero de rock surgiu e rapidamente ganhou o título de rock universitário por causa de sua importância nas rádios universitárias. Eventualmente, o nome do gênero tornou-se música alternativa por causa de seu novo som que não se baseava nos gêneros mais típicos de heavy metal e new wave populares na época. O estilo construiu uma era pós-punk definida por sons indie e raízes do rock. A música alternativa era extremamente popular nos anos 80 e meados dos anos 90, quando o gênero experimentou um declínio na popularidade.
O termo música alternativa tornou-se as palavras que definiram o gênero depois que DJs em estações de rádio nos Estados Unidos usaram o termo para descrever músicas mais longas que não se enquadravam na categoria Top 40. Essas músicas deram aos DJs mais opções para suas listas de reprodução, mas as músicas não eram necessariamente o que agora seriam consideradas músicas alternativas. As estações de rádio da faculdade acabaram se agarrando ao termo para descrever o novo gênero, que era proeminente entre uma geração mais jovem nos campi das faculdades, e a música alternativa, como gênero, nasceu.
As características da música são um pouco mais difíceis de identificar. Originalmente, o gênero era focado em bandas e músicas independentes que surgiram na era punk, mas não se enquadravam na categoria metal ou nova onda. Bandas como REM ganharam destaque nos anos 80, mas, geralmente, o cenário da música alternativa não era necessariamente bem-sucedido comercialmente. Isso mudou no início dos anos 90, quando a banda de grunge Nirvana, de Seattle, entrou em cena. Bandas como Pearl Jam e Stone Temple Pilots logo surgiram, definindo ainda mais o som alternativo.
Em meados dos anos 90, o gênero experimentou um declínio acentuado. Após a morte do vocalista do Nirvana, Kurt Cobain, e um processo em nome da banda Pearl Jam contra a Ticketmaster, bandas alternativas se tornaram mais escassas quando outros novos gêneros, como o nu-metal, surgiram e assumiram o controle das ondas de rádio. Ao longo da década seguinte, bandas alternativas procuraram redefinir o gênero e reacender o interesse do público pela música. Bandas como White Stripes e Radiohead no início dos anos 2000 fizeram exatamente isso, abrindo caminho para um renascimento da música alternativa. Eles abriram o caminho para bandas inovadoras como Modest Mouse, The Strokes e The Killers, e o gênero parecia renascer.
O gênero alternativo tornou-se um termo genérico que englobava indie rock, Brit-pop, grunge e outros subgêneros. Por causa de sua definição nebulosa, tornou-se e continua sendo difícil distinguir definitivamente uma banda ou artista alternativo daquele de outro gênero.