Existem muitas espécies endêmicas da Indonésia, um ponto quente da biodiversidade tropical. A Indonésia é uma vasta região e país ao norte da Austrália e sudeste do sudeste da Ásia. É constituída por 17.508 ilhas dispostas em arquipélagos, sendo as maiores a Nova Guiné, Bornéu, Sumatra, Sulawesi, Flores e Timor. Nova Guiné, Bornéu e Sumatra são a segunda, terceira e sexta maiores ilhas do mundo, respectivamente, abrangendo coletivamente mais de 800.000 milhas quadradas. O isolamento das numerosas ilhas da Indonésia contribui para sua biodiversidade, com diferentes espécies se diversificando em cada ilha e sendo isoladas de predadores continentais.
Existem duas zonas zoogeográficas primárias na Indonésia: Sundaland no oeste e Wallacea no leste. Estes são divididos pela Wallace Line, uma linha imaginária que corre entre Bornéu e Sulawesi. A oeste da linha são encontradas principalmente espécies relacionadas à Ásia, ao leste, espécies australianas. No total, cerca de metade da Indonésia é desabitada, ocupada principalmente pela floresta tropical.
Na Sundaland, existem 381 espécies de mamíferos nativos, sendo 173 endêmicas. Durante as Eras do Gelo anteriores, o nível do mar na área era baixo o suficiente para que os animais pudessem viajar do continente asiático para as ilhas. Assim, tigre, rinoceronte, elefante e leopardo podem ser encontrados aqui. As espécies mais famosas endêmicas da Indonésia, o orangotango, podem ser encontradas em Bornéu e Sumatra, onde compõem duas espécies separadas. Esses grandes macacos alaranjados são usuários de ferramentas altamente inteligentes, mas estão ameaçados pela atividade humana e pela destruição de habitats. O belo tigre de Sumatra, a menor espécie de tigre, pode ser encontrado em locais de íons sobre a ilha, onde são apenas 500 indivíduos.
Duas outras espécies endêmicas da Indonésia são os rinocerontes de Sumatra e Javan, duas das espécies de mamíferos grandes mais raras e mais ameaçadas do mundo. Há muito que caçam seus chifres, que têm valor na medicina chinesa. Existem apenas cerca de 300 rinocerontes de Sumatra e apenas 60 rinocerontes de Javan. Será necessário um esforço substancial de conservação para garantir que essas espécies recuperem suas populações. O processo pode levar séculos.
Outras espécies endêmicas da Indonésia são encontradas em Wallacea, a região leste da Linha Wallace. A Wallacea tem 126 espécies endêmicas, incluindo sete espécies de macacos, cinco espécies de társio, o anoa, um subgênero raro de búfalo e o babirusa, um animal parecido com um porco com dois conjuntos de chifres curvos. Na ilha da Nova Guiné existem espécies endêmicas da Indonésia, como o bizarro canguru-árvore de Goodfellow, inúmeras espécies de roedores, alguns com um pé de comprimento, o belo Calau de Papua e o famoso dragão de Komodo, o maior lagarto vivo. Como os únicos mamíferos placentários nativos são morcegos e camundongos, outras espécies, como o dragão de Komodo, adotaram os nichos que, de outra forma, seriam adotados por grandes placentários.