Os efeitos colaterais da L-carnitina são raros. Quando os sintomas ocorrem, no entanto, os indivíduos freqüentemente notam desconforto digestivo e estomacal de leve a moderado, dores de cabeça e irritações na pele. Em alguns casos, podem ocorrer infecções da bexiga, distúrbios do sono e um odor corporal incomum.
Como um derivado do aminoácido lisina, a L-carnitina ajuda a metabolizar a gordura. A assistência que ele fornece é vital para uma boa saúde, pois fornece ácidos graxos diretamente às mitocôndrias celulares. A menos que uma pessoa seja deficiente nesse derivado de aminoácido, geralmente não há necessidade de aumentar sua presença no corpo. Embora seja facilmente acessado por meio do consumo de laticínios e carne vermelha, muitas pessoas que evitam esses produtos alimentícios compram-no na forma de suplemento e frequentemente ficam curiosas sobre quaisquer efeitos colaterais conhecidos da L-carnitina.
Indivíduos que sofrem de hemodiálise e perda de memória relacionada à idade também podem se beneficiar da L-carnitina. Os pesquisadores não estão certos, no entanto, se a suplementação desse aminoácido irá realmente prevenir tais perdas. Como os distúrbios do sono são um dos efeitos colaterais da L-carnitina raramente relatados, os indivíduos que a tomam para diminuir a perda de memória costumam considerá-la menos eficaz.
Às vezes referido simplesmente como carnitina ou acetil L-carnitina, os efeitos colaterais são muito raramente relatados em indivíduos saudáveis. Poucos efeitos colaterais, se houver, são notados em pessoas com outros problemas de saúde. Na verdade, em alguns pacientes com HIV, sabe-se que medicamentos antivirais usados para tratar infecções por HIV causam deficiência de L-carnitina. Efeitos colaterais como esses são comumente tratados com suplementação de carnitina, que ajuda a restaurar níveis saudáveis da mesma no corpo.
Embora a maioria das pessoas não sinta efeitos colaterais da L-carnitina, aqueles que apresentam problemas geralmente relatam sintomas leves a moderados e distúrbios, como erupção cutânea, congestão nasal, náusea, diarreia e vômito. Vários até relataram a presença de um odor corporal peculiar, possivelmente resultante de interações químicas com o suplemento que ocorrem dentro do corpo. Embora o odor corporal seja um dos efeitos colaterais menos comuns da L-carnitina, os pesquisadores descobriram que ele pode ser evitado tomando suplementos de riboflavina.
Mesmo na ausência de quaisquer efeitos colaterais físicos aparentes da L-carnitina, os médicos recomendam que as pessoas que tomam suplementos de carnitina também façam exames clínicos regularmente. Isso se deve ao fato de que alguns efeitos colaterais da L-carnitina só são descobertos por meio de testes médicos. Os pesquisadores que testam crianças com distúrbios de atenção também descobriram que a suplementação de L-carnitina é um tanto eficaz, mas recomendam que tal tratamento seja administrado apenas sob os cuidados de um médico para que os efeitos colaterais possam ser monitorados de perto e tratados, caso ocorram.